jupyter notebook可视化蛋白质表面静电势图请给出代码

Jupyter Notebook是一个开源的交互式笔记本，可以用于数据分析、可视化和编程等任务。在Jupyter Notebook中可视化蛋白质表面静电势图可以使用一些Python库来实现，例如`matplotlib`和`biopython`。

以下是一个简单的示例代码，用于绘制蛋白质表面静电势图：

import matplotlib.pyplot as plt
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
from Bio.PDB import PDBParser, NeighborSearch

# 读取PDB文件
parser = PDBParser()
structure = parser.get_structure("protein", "protein.pdb")

# 计算原子的电荷和坐标
charges = []
coordinates = []
for model in structure:
    for chain in model:
        for residue in chain:
            for atom in residue:
                charges.append(atom.charge)
                coordinates.append(atom.get_coord())

# 计算每个点的静电势
potentials = []
search = NeighborSearch(coordinates)
for i, coord in enumerate(coordinates):
    neighbors = search.search(coord, 10)  # 设置搜索半径为10埃
    potential = sum(charges[j] / (coord - coordinates[j]).norm() for j in neighbors)
    potentials.append(potential)

# 绘制静电势图
fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111, projection='3d')
ax.scatter([coord for coord in coordinates], [coord for coord in coordinates], [coord for coord in coordinates], c=potentials)
plt.show()

请注意，上述代码中的"protein.pdb"是一个蛋白质结构的PDB文件，你需要将其替换为你自己的PDB文件路径。此外，你还需要安装`matplotlib`和`biopython`库，可以使用以下命令进行安装：

pip install matplotlib biopython