(wgs) zhaoxinchen@bbd1-PowerEdge-R740:~$which java /home/zhaoxinchen/miniconda3/envs/wgs/bin/java

根据你提供的信息，你的Java环境似乎是通过miniconda3环境安装的。这可能导致与系统默认的Java环境发生冲突，从而引发JNI错误。

你可以尝试以下方法来解决该问题：

1. 检查默认Java版本：执行以下命令，查看系统默认的Java版本：

   java -version

确保输出的Java版本与你期望的版本一致。如果不一致，可以尝试切换到正确的Java版本。

2. 设置miniconda3环境的Java配置：如果你确实需要在miniconda3环境中使用Java，可以尝试在该环境中设置正确的Java环境变量。在终端中执行以下命令：

   conda activate wgs
   export JAVA_HOME=/home/zhaoxinchen/miniconda3/envs/wgs
   export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH

然后再次运行你的程序，看看问题是否已解决。

3. 暂时禁用miniconda3环境：如果你不需要在miniconda3环境中使用Java，可以临时禁用该环境并使用系统默认的Java环境。在终端中执行以下命令：

   conda deactivate

然后再次运行你的程序，看看问题是否已解决。

如果以上方法都没有解决问题，请提供更多详细的错误信息，以便我们进一步帮助你解决。