nternal pipeline statistics summary: ------------------------------------- Query model(s): 1 (15123 nodes) Target sequences: 1 (798 residues searched) Passed MSV filter: 1 (1); expected 0.0 (0.02) Passed bias filter: 1 (1); expected 0.0 (0.02) Passed Vit filter: 1 (1); expected 0.0 (0.001) Passed Fwd filter: 1 (1); expected 0.0 (1e-05) Initial search space (Z): 1 [actual number of targets] Domain search space (domZ): 1 [number of targets reported over threshold] # CPU time: 1.28u 0.08s 00:00:01.36 Elapsed: 00:00:01.35 # Mc/sec: 8.90
时间: 2024-02-10 16:20:43 浏览: 57
这段输出是hmmsearch命令的内部管道统计摘要,包含了搜索过程中的一些重要信息,具体解释如下:
- Query model(s):搜索中使用的HMM模型数量和节点数。
- Target sequences:搜索的目标序列数量和总共搜索的残基数。
- Passed MSV filter:经过MSV(Multiple Suboptimal Viterbi)过滤器过滤后通过的模型数量和期望的通过模型数量。
- Passed bias filter:经过偏序列复杂度过滤器过滤后通过的模型数量和期望的通过模型数量。
- Passed Vit filter:经过Viterbi过滤器过滤后通过的模型数量和期望的通过模型数量。
- Passed Fwd filter:经过Forward过滤器过滤后通过的模型数量和期望的通过模型数量。
- Initial search space (Z):搜索空间大小,即搜索的目标序列总长度。
- Domain search space (domZ):比对域搜索空间大小,即通过MSV过滤器和偏序列复杂度过滤器后,实际参与比对的序列总长度。
- CPU time:搜索过程中使用的CPU时间。
- Elapsed:搜索过程的实际运行时间。
- Mc/sec:搜索速率,即每秒钟匹配的比对域数量。
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nternal Server Error) upload
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