nii.gz格式的医学影像图片如何输入模型进行训练
时间: 2023-02-09 13:05:03 浏览: 127
nii.gz格式的医学影像图片需要先进行解压缩,然后使用相应的库进行读取。在深度学习中常用的库有nibabel和SimpleITK。读取之后,对数据进行预处理,例如归一化,裁剪等操作。最后将预处理后的数据输入模型进行训练。
相关问题
python实现将nii.gz格式的T1和T1ce模态数据转换为numpy数组进行做差得到sub,再将numpy数组的sub转换成nii.gz格式的数据
可以使用Python中的nibabel库来读取和写入nii.gz格式的数据,使用numpy库进行数组操作。
首先,需要安装nibabel库和numpy库:
```
pip install nibabel
pip install numpy
```
接下来,可以按照以下步骤来实现将nii.gz格式的T1和T1ce模态数据转换为numpy数组进行做差得到sub,再将numpy数组的sub转换成nii.gz格式的数据:
1. 导入nibabel库和numpy库:
```
import nibabel as nib
import numpy as np
```
2. 使用nibabel库的load函数来读取T1和T1ce模态数据:
```
t1_img = nib.load('t1.nii.gz')
t1ce_img = nib.load('t1ce.nii.gz')
```
3. 使用nibabel库的get_fdata函数将nii.gz格式的数据转换为numpy数组:
```
t1_data = t1_img.get_fdata()
t1ce_data = t1ce_img.get_fdata()
```
4. 对T1和T1ce模态数据的numpy数组进行做差操作得到sub:
```
sub_data = t1_data - t1ce_data
```
5. 使用nibabel库的Nifti1Image函数将sub的numpy数组转换为nii.gz格式的数据:
```
sub_img = nib.Nifti1Image(sub_data, t1_img.affine)
```
6. 使用nibabel库的save函数将sub的nii.gz格式数据保存到文件:
```
nib.save(sub_img, 'sub.nii.gz')
```
通过以上步骤,就可以实现将nii.gz格式的T1和T1ce模态数据转换为numpy数组进行做差得到sub,再将numpy数组的sub转换成nii.gz格式的数据。
python 修改nii.gz格式图像分辨率
可以使用 nibabel 库来读取和修改 nii.gz 格式的图像分辨率。具体的代码如下:
```python
import nibabel as nib
# 读取 nii.gz 格式的图像
img = nib.load('example.nii.gz')
# 获取图像的头信息
header = img.header.copy()
# 修改分辨率
header['pixdim'][1:4] = [1.0, 1.0, 1.0]
# 保存修改后的图像
nib.save(img.get_fdata(), 'example_new.nii.gz', header=header)
```
这段代码将 nii.gz 格式的图像的分辨率修改为 1x1x1。