帮我生成LAMMPS后处理,计算hydro_stress和von Mises stress 的脚本
时间: 2023-10-14 09:04:14 浏览: 236
LAMMPS计算hydro_stress和von Mises stress 的脚本
以下是一个简单的LAMMPS后处理脚本,用于计算hydro_stress和von Mises stress:
```
# LAMMPS后处理脚本
# 计算hydro_stress和von Mises stress
# 导入必要的Python库
import numpy as np
import sys
# 打开LAMMPS输出文件
with open(sys.argv[1], 'r') as f:
lines = f.readlines()
# 定义常数
boltz = 1.380649e-23
# 解析LAMMPS输出文件
natoms = int(lines[3])
box = np.array([float(i) for i in lines[5].split()[1:]])
xlo, xhi, ylo, yhi, zlo, zhi = box[0], box[1], box[2], box[3], box[4], box[5]
xlo_bound, xhi_bound = xlo + (xhi - xlo) / 2, xhi - (xhi - xlo) / 2
ylo_bound, yhi_bound = ylo + (yhi - ylo) / 2, yhi - (yhi - ylo) / 2
zlo_bound, zhi_bound = zlo + (zhi - zlo) / 2, zhi - (zhi - zlo) / 2
# 提取每个原子的位置、速度和势能
data = np.loadtxt(sys.argv[1], skiprows=9)
coords = data[:, 1:4]
velocities = data[:, 4:7]
potentials = data[:, 7]
# 计算坐标差
dx = coords[:, None, :] - coords[None, :, :]
dx = dx - np.rint(dx / box) * box
# 计算应力
stress = np.zeros((3, 3))
for i in range(3):
for j in range(3):
stress[i, j] = np.sum(dx[:, :, i] * dx[:, :, j] * potentials[:, None]) / (natoms * box[i] * box[j])
# 计算hydro_stress
hydro_stress = np.sum(np.diag(stress)) / 3
# 计算von Mises stress
deviatoric_stress = stress - np.identity(3) * hydro_stress
von_mises_stress = np.sqrt(0.5 * np.sum(deviatoric_stress ** 2))
# 输出结果
print("hydro_stress: {}".format(hydro_stress))
print("von Mises stress: {}".format(von_mises_stress))
```
使用方法:
1. 将上述代码保存为一个名为 `post_process.py` 的文件。
2. 运行以下命令:
```
python post_process.py output.lammps
```
其中 `output.lammps` 是你要分析的LAMMPS输出文件的名称。
3. 脚本将输出 `hydro_stress` 和 `von Mises stress` 的值。
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