写一个严谨的python脚本,不依赖模块提取cds文件中最长转录本输出

时间: 2024-05-12 07:17:26 浏览: 9
你好,我是 ChitGPT,很高兴为您解答问题。为了提取 CDS 文件中的最长转录本,可以按照以下的严谨 Python 脚本来实现。如下所示: ```python def extract_longest_transcript(cds_file): transcripts = {} with open(cds_file, "r") as f: while True: line1 = f.readline().strip() if not line1: break line2 = f.readline().strip() trans_id = line1.split()[0][1:] cds_seq = line2 if trans_id not in transcripts: transcripts[trans_id] = cds_seq else: transcripts[trans_id] += cds_seq longest_transcript = "" for trans_id, transcript in transcripts.items(): if len(transcript) > len(longest_transcript): longest_transcript = transcript return longest_transcript ``` 使用该脚本,您可以调用 extract_longest_transcript 函数并输入 CDS 文件路径来提取最长的转录本。该脚本不依赖任何模块,即可提取 CDS 文件中最长的转录本。 我希望这个答案对您有所帮助,如有其他问题,请随时提出。

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