写一个严谨的python脚本,不依赖模块提取cds文件中最长转录本输出
时间: 2024-05-12 10:17:26 浏览: 139
你好,我是 ChitGPT,很高兴为您解答问题。为了提取 CDS 文件中的最长转录本,可以按照以下的严谨 Python 脚本来实现。如下所示:
```python
def extract_longest_transcript(cds_file):
transcripts = {}
with open(cds_file, "r") as f:
while True:
line1 = f.readline().strip()
if not line1:
break
line2 = f.readline().strip()
trans_id = line1.split()[0][1:]
cds_seq = line2
if trans_id not in transcripts:
transcripts[trans_id] = cds_seq
else:
transcripts[trans_id] += cds_seq
longest_transcript = ""
for trans_id, transcript in transcripts.items():
if len(transcript) > len(longest_transcript):
longest_transcript = transcript
return longest_transcript
```
使用该脚本,您可以调用 extract_longest_transcript 函数并输入 CDS 文件路径来提取最长的转录本。该脚本不依赖任何模块,即可提取 CDS 文件中最长的转录本。
我希望这个答案对您有所帮助,如有其他问题,请随时提出。
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