AttributeError: 'builtins.Molecule' object has no attribute 'adjust_connectivity'

非常抱歉，我之前的回答还是有误。在 SPDKIT 中，Molecule 对象没有 `adjust_connectivity` 方法。正确的方式是通过 `fix_bonds` 方法来调整分子之间的连接方式。这里是修改后的代码：

import spdkit
from spdkit import *

# 读取分子文件
m1 = Molecule.from_file("POSCAR1")
m2 = Molecule.from_file("POSCAR2")

# 重新确定原子之间的连接方式
m1.rebond()
m2.rebond()

# 检查分子之间的差异性
dis = m1.disparity_between(m2)
if dis:
    # 如果分子之间存在差异性，则修正分子的连接方式
    m1.fix_bonds(m2.get_bonds())

# 计算 RMSD 值
rmsd = m1.resemble_rigidly(m2)
print(rmsd)

在这个修改后的代码中，我们使用 `fix_bonds` 方法来修正分子的连接方式。如果两个分子之间存在差异性，则将第一个分子的连接方式更新为第二个分子的连接方式。然后再计算 RMSD 值。