AttributeError: 'builtins.Molecule' object has no attribute 'adjust_connectivity'
时间: 2023-06-22 15:37:33 浏览: 58
非常抱歉,我之前的回答还是有误。在 SPDKIT 中,Molecule 对象没有 `adjust_connectivity` 方法。正确的方式是通过 `fix_bonds` 方法来调整分子之间的连接方式。这里是修改后的代码:
```python
import spdkit
from spdkit import *
# 读取分子文件
m1 = Molecule.from_file("POSCAR1")
m2 = Molecule.from_file("POSCAR2")
# 重新确定原子之间的连接方式
m1.rebond()
m2.rebond()
# 检查分子之间的差异性
dis = m1.disparity_between(m2)
if dis:
# 如果分子之间存在差异性,则修正分子的连接方式
m1.fix_bonds(m2.get_bonds())
# 计算 RMSD 值
rmsd = m1.resemble_rigidly(m2)
print(rmsd)
```
在这个修改后的代码中,我们使用 `fix_bonds` 方法来修正分子的连接方式。如果两个分子之间存在差异性,则将第一个分子的连接方式更新为第二个分子的连接方式。然后再计算 RMSD 值。
相关问题
AttributeError: 'builtins.Molecule' object has no attribute 'fix_bonds'
抱歉,我之前的回答有误。在 SPDKIT 中,Molecule 对象没有 `fix_bonds` 方法。您可以使用 `adjust_connectivity` 方法来修正分子之间的连接方式。这里是修改后的代码:
```python
import spdkit
from spdkit import *
# 读取分子文件
m1 = Molecule.from_file("POSCAR1")
m2 = Molecule.from_file("POSCAR2")
# 重新确定原子之间的连接方式
m1.rebond()
m2.rebond()
# 检查分子之间的差异性
dis = m1.disparity_between(m2)
if dis:
# 如果分子之间存在差异性,则修正分子的连接方式
m1.adjust_connectivity(m2)
# 计算 RMSD 值
rmsd = m1.resemble_rigidly(m2)
print(rmsd)
```
在这个修改后的代码中,我们使用 `adjust_connectivity` 方法来修正分子的连接方式。如果两个分子之间存在差异性,则将第一个分子的连接方式更新为第二个分子的连接方式。然后再计算 RMSD 值。
AttributeError: numpy.ndarray object has no attribute to
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