如何使用pycharm将批量dicom格式转为nrrd格式

可以使用以下步骤在 PyCharm 中批量将 DICOM 格式转换为 NRRD 格式：

1. 安装 Pydicom 库

在 PyCharm 中打开 Terminal（终端），输入以下命令安装 Pydicom 库：

pip install pydicom

2. 编写 Python 脚本

在 PyCharm 中创建一个新的 Python 文件，输入以下代码：

import os
import pydicom
import numpy as np
import nrrd

# 定义 DICOM 文件路径和输出 NRRD 文件路径
input_folder = "input_folder_path"
output_folder = "output_folder_path"

# 遍历 DICOM 文件夹中的所有文件
for dir_name, subdir_list, file_list in os.walk(input_folder):
    for filename in file_list:
        # 读取 DICOM 文件
        ds = pydicom.read_file(os.path.join(dir_name, filename))
        # 获取像素数组和元数据
        pixel_array = ds.pixel_array
        spacing = np.array([ds.PixelSpacing[0], ds.PixelSpacing[1], ds.SliceThickness])
        origin = ds.ImagePositionPatient

        # 将像素数组保存为 NRRD 文件
        nrrd.write(os.path.join(output_folder, os.path.splitext(filename)[0] + ".nrrd"), pixel_array, header={"spacings": spacing, "space origin": origin})

在代码中，需要将 `input_folder_path` 替换为 DICOM 文件夹路径，将 `output_folder_path` 替换为输出 NRRD 文件夹路径。

3. 运行 Python 脚本

保存 Python 文件后，在 PyCharm 中运行该脚本。脚本会自动将 DICOM 文件夹中的所有文件转换为 NRRD 文件，并保存到输出文件夹中。

注意：在转换过程中，需要确保 DICOM 文件夹中的所有文件都是同一序列的扫描，否则输出的 NRRD 文件可能不正确。