代码 chr_size.append((TADs[i][1]-TADs[i][0]+1)/Mb_bases[resolutions.index(reso)])是什么意思
时间: 2023-06-09 16:01:58 浏览: 64
这段代码是将某个染色体上一个 TAD 区域的长度,按照不同分辨率 resolution 对应的基因组长度进行换算,并将结果添加到 chr_size 列表中。其中 Mb_bases[resolutions.index(reso)] 表示 resolution 对应的基因组长度,TADs[i][1]-TADs[i][0] 1 表示 TAD 区域的长度减去 1,而该数值除以 Mb_bases[resolutions.index(reso)] 表示换算后的 TAD 区域长度。
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文件一的格式内容如下: MADS-MIKC TF MADS-M-type TF MYB-related TF MYB TF NAC TF NF-X1 TF NF-YA TF NF-YB TF NF-YC TF OFP TF PLATZ TF RWP-RK TF S1Fa-like TF SAP TF SBP TF SRS TF STAT TF TCP TF Tify TF Trihelix TF ... ... 文件二的格式内容如下: Chr19.g21850.m1_D13 AP2/ERF-AP2 TF AP2/ERF->AP2/ERF-AP2 Chr19.g21885.m1_D13 GARP-ARR-B TF GARP->GARP-ARR-B Chr19.g21892.m1_D13 bHLH TF bHLH Chr19.g21896.m1_D13 WRKY TF WRKY Chr19.g21913.m1_D13 AP2/ERF-ERF TF AP2/ERF->AP2/ERF-ERF Chr19.g21920.m1_D13 HB-BELL TF HB->HB-BELL Chr19.g21926.m1_D13 AUX/IAA TR AUX/IAA Chr19.g21934.m1_D13 bZIP TF bZIP Chr19.g21951.m1_D13 HB-PHD TF HB->HB-PHD Chr19.g21959.m1_D13 C2H2 TF C2H2 Chr19.g21967.m3_D13 FAR1 TF FAR1 Chr19.g21968.m1_D13 AP2/ERF-ERF TF AP2/ERF->AP2/ERF-ERF Chr19.g21970.m1_D13 Jumonji TR Jumonji Chr19.g21987.m1_D13 TCP TF TCP Chr19.g21994.m1_D13 bHLH TF bHLH Chr19.g21996.m1_D13 FAR1 TF FAR1 Chr19.g22000.m1_D13 B3-ARF TF B3->B3-ARF Chr19.g22009.m1_D13 RB TR RB Chr19.g22031.m1_D13 LOB TF LOB ... ... 写一段代码根据文件一的内容在文件二的第二、第三列去匹配,并统计出文件一内容每行出现的频次并打印
以下是Python代码实现:
```python
# 读取文件一
with open('file1.txt', 'r') as f:
file1 = f.read().split()
# 读取文件二
with open('file2.txt', 'r') as f:
file2 = f.read().split('\n')
# 统计频次的字典
freq_dict = {tf: 0 for tf in file1}
# 匹配文件一和文件二
for line in file2:
if not line.strip(): # 排除空行
continue
_, tf, _ = line.split('\t')
if tf in freq_dict:
freq_dict[tf] += 1
# 打印结果
for tf, freq in freq_dict.items():
print(f'{tf}\t{freq}')
```
代码思路:
首先读取文件一和文件二的内容,分别存储为列表 `file1` 和字符串 `file2`。然后定义一个字典 `freq_dict`,用于存储每个 TF 在文件二出现的频次。接下来遍历文件二的每一行,如果第二列的 TF 出现在文件一中,则将对应的频次加一。最后遍历 `freq_dict`,打印每个 TF 出现的频次。
使用GATK的combinegvcf模块合并gvcf文件,可是到了这一步Using GATK jar /stor9000/apps/users/NWSUAF/2022050434/biosoft/gatk4.3/gatk-4.3.0.0/gatk-package-4.3.0.0-local.jar Running: java -Dsamjdk.use_async_io_read_samtools=false -Dsamjdk.use_async_io_write_samtools=true -Dsamjdk.use_async_io_write_tribble=false -Dsamjdk.compression_level=2 -jar /stor9000/apps/users/NWSUAF/2022050434/biosoft/gatk4.3/gatk-4.3.0.0/gatk-package-4.3.0.0-local.jar CombineGVCFs -R /stor9000/apps/users/NWSUAF/2008115251/genomes/ARS-UCD1.2_Btau5.0.1Y.fa --variant /stor9000/apps/users/NWSUAF/2020055419/home/xncattle/03.GVCF/01_out_GVCF/XN_22/1_XN_22.g.vcf.gz --variant /stor9000/apps/users/NWSUAF/2020055419/home/xncattle/03.GVCF/01_out_GVCF/XN_18/1_XN_18.g.vcf.gz -O /stor9000/apps/users/NWSUAF/2022050469/candy/bwa/gatk/Combine/chr1.g.vcf.gz 09:10:40.524 INFO NativeLibraryLoader - Loading libgkl_compression.so from jar:file:/stor9000/apps/users/NWSUAF/2022050434/biosoft/gatk4.3/gatk-4.3.0.0/gatk-package-4.3.0.0-local.jar!/com/intel/gkl/native/libgkl_compression.so 09:10:50.696 INFO CombineGVCFs - ------------------------------------------------------------ 09:10:50.697 INFO CombineGVCFs - The Genome Analysis Toolkit (GATK) v4.3.0.0 09:10:50.697 INFO CombineGVCFs - For support and documentation go to https://software.broadinstitute.org/gatk/ 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - Executing as 2022050469@node54 on Linux v3.10.0-1127.el7.x86_64 amd64 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - Java runtime: Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM v1.8.0_72-b15 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - Start Date/Time: July 21, 2023 9:10:40 AM CST 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - ------------------------------------------------------------ 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - ------------------------------------------------------------ 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - HTSJDK Version: 3.0.1 09:10:50.699 INFO CombineGVCFs - Picard Version: 2.27.5 09:10:50.699 INFO CombineGVCFs - Built for Spark Version: 2.4.5 09:10:50.699 INFO CombineGVCFs - HTSJDK Defaults.COMPRESSION_LEVEL : 2 09:10:50.699 INFO CombineGVCFs - HTSJDK Defa就停止了,没有输出文件,也没有报错文件
根据您提供的日志信息,目前还不清楚具体原因。不过,有几个常见的问题可能导致gvcf文件合并失败:
1. 文件路径或名称错误:请确保输入的gvcf文件路径和名称正确,并且文件存在于指定的位置。
2. 工具版本不兼容:检查您使用的GATK版本是否与您的数据兼容。有时,不同版本的GATK可能具有不同的参数或支持不同的功能。
3. 内存不足:合并多个gvcf文件可能需要较大的内存。请确保您的系统具有足够的可用内存来处理合并操作。
4. 磁盘空间不足:检查您的系统磁盘空间是否足够容纳合并后的gvcf文件。如果磁盘空间不足,合并操作可能会失败。
5. 输入文件格式错误:确保输入的gvcf文件格式正确,并且符合GATK的要求。
如果您能提供更多详细信息,如错误消息或其他日志输出,我可以更准确地帮助您解决问题。