请详细举例说明并计算精确度、召回率:IMCDriver预测算法在top-N排序方法上计算模型性能,由于某些样本预测的驱动基因数小于N,因此我们复制了最后一个Precision、Recall、F1-Score评分,使所有癌症数据集的指标评分数等于N
时间: 2023-06-19 19:06:20 浏览: 98
假设IMCDriver预测算法对于一个癌症数据集,能够预测出该患者的驱动基因,具体预测结果如下:
预测结果:A, B, C, D, E
真实结果:A, B, C, F, G
其中,预测结果中的A、B、C均为正确预测的驱动基因,D、E为错误预测的驱动基因,而真实结果中的F、G则是未被预测到的驱动基因。
如果我们设定N=5,则需要对预测结果进行top-5排序,并计算模型的性能指标。由于该数据集中只有5个驱动基因,因此无法进行top-5排序,需要进行复制操作,使得预测结果中的基因数等于N,即:
预测结果:A, B, C, D, E
真实结果:A, B, C, F, G
复制后的预测结果:A, B, C, D, E
在计算性能指标时,我们首先需要计算模型的精确度,即正确预测的驱动基因数除以总的预测基因数,公式为:
Precision = TP / (TP + FP)
其中,TP表示真正例,即被正确预测为驱动基因的基因数;FP表示假正例,即被错误预测为驱动基因的基因数。根据上述预测结果,我们可以计算出TP=3,FP=2,因此:
Precision = 3 / (3 + 2) = 0.6
接下来,我们需要计算模型的召回率,即正确预测的驱动基因数除以总的真实基因数,公式为:
Recall = TP / (TP + FN)
其中,FN表示假反例,即未被预测为驱动基因但实际上是驱动基因的基因数。根据上述预测结果,我们可以计算出TP=3,FN=2,因此:
Recall = 3 / (3 + 2) = 0.6
最后,我们可以计算出模型的F1-Score,即精确度和召回率的调和平均数,公式为:
F1-Score = 2 * Precision * Recall / (Precision + Recall)
根据上述精确度和召回率的计算结果,我们可以计算出:
F1-Score = 2 * 0.6 * 0.6 / (0.6 + 0.6) = 0.6
需要注意的是,在复制最后一个评分的情况下,模型的性能指标可能会出现偏高的情况,因此需要结合其他评估指标一起考虑模型的性能。
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