基于vcf文件比对到参考基因组鉴定单核苷酸变异的代码

基于vcf文件比对到参考基因组鉴定单核苷酸变异的代码可以使用Python编写，主要包含以下步骤：

1. 解析vcf文件：使用vcfpy等Python库解析vcf文件，获取每个位点的信息，包括染色体位置、参考碱基、变异碱基等。

import vcfpy

# 读取vcf文件
vcf_reader = vcfpy.Reader.from_path("sample.vcf")

# 遍历每个位点
for record in vcf_reader:
    chrom = record.CHROM  # 染色体位置
    pos = record.POS  # 基因组位置
    ref = record.REF  # 参考碱基
    alt = record.ALT[0]  # 变异碱基

2. 比对到参考基因组：使用Bowtie2等比对软件将样本序列比对到参考基因组，得到比对结果。可以使用Python库pysam处理比对结果。

import pysam

# 打开bam文件
bam_file = pysam.AlignmentFile("sample.bam", "rb")

# 按照染色体位置和基因组位置获取比对结果
for pileup_column in bam_file.pileup(chrom, pos-1, pos):
    # 遍历每个碱基
    for pileup_read in pileup_column.pileups:
        # 判断碱基是否为参考碱基
        if pileup_read.query_position is None:
            continue
        if pileup_read.alignment.query_sequence[pileup_read.query_position] != ref:
            # 错误碱基
        else:
            # 参考碱基

3. 筛选单核苷酸变异：根据参考碱基和变异碱基的长度是否相同来判断是否为单核苷酸变异。

if len(ref) == 1 and len(alt) == 1:
    # 单核苷酸变异
else:
    # 非单核苷酸变异

4. 鉴定变异类型：根据参考碱基和变异碱基的不同，鉴定变异类型，包括突变、同义突变、错义突变等。

if ref == 'A' and alt == 'G':
    # A->G 突变
elif ref == 'C' and alt == 'T':
    # C->T 突变
elif ref == 'G' and alt == 'A':
    # G->A 突变
elif ref == 'T' and alt == 'C':
    # T->C 突变
elif ref == alt:
    # 同义突变
else:
    # 错义突变

5. 输出结果：根据变异类型输出结果，可以将结果保存到文件中。

if ref == 'A' and alt == 'G':
    print("A->G 突变")
elif ref == 'C' and alt == 'T':
    print("C->T 突变")
elif ref == 'G' and alt == 'A':
    print("G->A 突变")
elif ref == 'T' and alt == 'C':
    print("T->C 突变")
elif ref == alt:
    print("同义突变")
else:
    print("错义突变")

以上是基于vcf文件比对到参考基因组鉴定单核苷酸变异的简单代码示例，具体根据需要进行修改。