有没有其他类似于ssGSEA的算法
时间: 2023-09-29 16:04:30 浏览: 65
其他可以参考的优化算法
是的,还有很多类似于ssGSEA的算法,其中一些包括:
1. GSEA(基因集富集分析):与ssGSEA非常相似,但是它使用了不同的统计方法来计算每个基因集的富集得分。
2. PAGE(基于排名的基因集富集分析):这是一种基于排名的方法,它使用了与ssGSEA类似的策略来计算每个基因集的富集得分。
3. PLAGE(基于积分的基因集富集分析):这是一种基于积分的方法,它将每个基因的表达值积分到一个单一的富集得分中,从而计算每个基因集的富集得分。
4. CAMERA(基于积分的基因集富集分析):这是另一种基于积分的方法,它将每个基因的表达值积分到一个单一的富集得分中,但是它使用了与GSEA类似的统计方法来计算每个基因集的富集得分。
5. SAFE(样本特异性的基因集富集分析):这是一种基于样本特异性的方法,它可以识别在特定子集中富集的基因集。它使用了与ssGSEA类似的策略来计算每个基因集的富集得分,但是它考虑了样本之间的差异。
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