[root@localhost melt]# mpirun -np 4 /zc/lammps-28Mar2023/lmp_mpi -in in.melt [proxy:0:0@localhost.localdomain] HYDU_create_process (lib/utils/launch.c:73): execvp error on file /zc/lammps-28Mar2023/lmp_mpi (No such file or directory) [proxy:0:0@localhost.localdomain] HYDU_create_process (lib/utils/launch.c:73): execvp error on file /zc/lammps-28Mar2023/lmp_mpi (No such file or directory) [proxy:0:0@localhost.localdomain] HYDU_create_process (lib/utils/launch.c:73): execvp error on file /zc/lammps-28Mar2023/lmp_mpi (No such file or directory) [proxy:0:0@localhost.localdomain] HYDU_create_process (lib/utils/launch.c:73): execvp error on file /zc/lammps-28Mar2023/lmp_mpi (No such file or directory)
时间: 2024-01-13 08:05:30 浏览: 175
这个错误提示显示LAMMPS程序仍然无法找到lmp_mpi文件,该文件在路径“/zc/lammps-28Mar2023/lmp_mpi”中。请再次检查该路径是否正确,并确保lmp_mpi文件确实位于该路径中。
如果lmp_mpi文件确实位于该路径中,请检查文件权限和文件是否完整。您可以使用以下命令检查文件权限:
```
ls -l /zc/lammps-28Mar2023/lmp_mpi
```
如果权限不正确,您可以使用以下命令更改文件权限:
```
chmod +x /zc/lammps-28Mar2023/lmp_mpi
```
如果文件不完整或损坏,您可以重新下载或复制该文件。
另外,请确保您正在使用正确版本的LAMMPS程序。如果您使用的是LAMMPS的旧版本,并且lmp_mpi文件是在新版本中添加的,则可能会导致LAMMPS程序无法找到该文件。请使用最新版本的LAMMPS程序。
如果您仍然无法解决问题,请提供更多详细信息,例如操作系统和软件版本,以便我们更好地帮助您。
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df.am <- read.csv("D:/Toolkit/Backup/UGW-052141/C/Users/pedro/Documents/Projects/Fukushima/Data/am_contributions.csv") %>% separate(sediment_sample, c("a", "Mix"), sep = 3) %>% select(-a) %>% mutate(Mix = as.numeric(Mix)) %>% melt(id.vars = "Mix")
这是 R 语言中的一段代码,主要是用来读取一个 csv 文件,并对其中的某一列进行分列和转换类型,然后使用 `melt()` 函数将数据从宽转长格式。其中 `%>%` 是管道符号,用于将前面一个函数的输出作为后面一个函数的输入。具体来说,`read.csv()` 函数用于读取 csv 文件,`separate()` 函数用于将 `sediment_sample` 列按照前三个字符进行分列,`select()` 函数用于选择需要保留的列,`mutate()` 函数用于添加新的一列,`as.numeric()` 函数用于将字符型的 `Mix` 列转换为数值型,`melt()` 函数用于将数据从宽格式转换为长格式。
lammps melt
LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)是一款功能强大的分子动力学模拟软件,可以用于模拟多种多样的系统,包括固体、液体和气体。其中,"melt"一词通常指的是将晶体物质转化为液体的过程。
在LAMMPS中,要模拟物质熔化的过程,需要以晶体结构作为起点,通过在模拟系统中引入足够的热能来破坏结晶体系的有序性,使其转变为液体。具体的过程如下:
首先,需要准备好描述系统的输入文件,包括原子类型、原子位置、晶格参数等。可以选择在LAMMPS自带的库中选择特定材料的晶体结构,或者自定义一个晶体结构。
其次,设置模拟条件,包括温度、压力和模拟时间等。对于熔化过程,温度是一个重要的参数,通常要将其设定为高于材料的熔点,以便提供足够的热能。
接下来,进行模拟运行。通过LAMMPS的分子动力学模拟算法,对系统中的原子进行运动的模拟。在模拟过程中,原子之间会相互作用,使得原子沿着分子动力学方程运动。
随着模拟的进行,原子将从原来的有序排列逐渐松散,相互之间的距离和角度也会发生变化。随着温度的升高,晶体结构中的键将逐渐断裂,原子将逐渐进入液态。
最后,当模拟运行足够长的时间,物质中的原子将脱离晶体结构,自由运动,完成熔化过程。可以通过观察模拟系统的总能量、原子位置等数据来判断模拟是否有效。
总的来说,通过LAMMPS进行物质的熔化模拟,可以获得系统中原子的位置、速度、能量等信息,进而研究材料的相变和液态性质。这对于理解和设计新型材料,以及研究材料的熔化过程具有重要意义。
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