在Linux中如何对一个指定的序列,使用 jellyfish 计算K-mer=19的所有子序列。其代码是什么
时间: 2024-03-09 15:50:17 浏览: 16
你可以使用以下命令来计算指定序列的 K-mer 子序列:
```
jellyfish count -m 19 -s 1G -t 8 input.fq
```
其中 `-m` 参数指定 K-mer 的长度为 19,`-s` 参数指定内存限制为 1GB,`-t` 参数指定线程数为 8。`input.fq` 是输入文件的路径。
如果你想要计算多个序列的 K-mer 子序列,可以将它们放在同一个文件中,或者使用通配符 `*` 匹配多个文件,例如:
```
jellyfish count -m 19 -s 1G -t 8 *.fq
```
这将会计算所有以 `.fq` 结尾的文件中的 K-mer 子序列。
相关问题
linux安装jellyfish
要在Linux上安装jellyfish,您可以按照以下步骤进行操作:
1. 打开终端并输入以下命令以更新软件包列表:
```
sudo apt-get update
```
2. 运行以下命令以安装jellyfish:
```
sudo apt-get install jellyfish
```
3. 输入您的管理员密码并按Enter键,该命令将自动下载并安装jellyfish。
现在,jellyfish已经成功安装在您的Linux系统上,您可以开始使用它。
jellyfish参数
Jellyfish是一款计数DNA的k-mers的软件,它使用Hash表来存储数据,并支持多线程运行,速度快,内存消耗小。\[3\]在使用Jellyfish时,可以使用以下参数进行操作:
- count:用于计数k-mers的出现次数。可以使用-t参数指定线程数,-C参数表示计数互补链的k-mers,-m参数指定k-mer的长度,-o参数指定输出文件名,-s参数指定内存限制。\[2\]
- histo:用于生成k-mer的频率直方图。可以使用-t参数指定线程数,-o参数指定输出文件名。\[2\]
例如,使用以下命令计数19-mer的出现次数:
```
./jellyfish-2.3.0/bin/jellyfish count -t 8 -C -m 19 -o 19mer_out -s 16G YS_R1.fq YS_R2.fq
```
使用以下命令生成19-mer的频率直方图:
```
./jellyfish-2.3.0/bin/jellyfish histo -o 19mer_out.histo 19mer_out
```
请注意,具体的参数设置可能会根据实际需求而有所不同。
#### 引用[.reference_title]
- *1* *2* *3* [jellyfish的安装和使用](https://blog.csdn.net/fhqdddddd/article/details/123847886)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^insertT0,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item]
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