在Linux中如何对一个指定的序列,使用 jellyfish 计算K-mer=19的所有子序列。其代码是什么
时间: 2024-03-09 09:50:17 浏览: 177
Jellyfish:快速多线程k-mer计数器
你可以使用以下命令来计算指定序列的 K-mer 子序列:
```
jellyfish count -m 19 -s 1G -t 8 input.fq
```
其中 `-m` 参数指定 K-mer 的长度为 19,`-s` 参数指定内存限制为 1GB,`-t` 参数指定线程数为 8。`input.fq` 是输入文件的路径。
如果你想要计算多个序列的 K-mer 子序列,可以将它们放在同一个文件中,或者使用通配符 `*` 匹配多个文件,例如:
```
jellyfish count -m 19 -s 1G -t 8 *.fq
```
这将会计算所有以 `.fq` 结尾的文件中的 K-mer 子序列。
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