(2)加载R内置“iris”鸢尾花数据集,解释数据集各变量含义,并采用合适方法对鸢尾花样本进行聚类分析(基于第1列到第4列数据进行聚类,排除“Species”列)。需给出思路、流程、可视化结果、结果解释。

时间: 2024-02-03 21:12:21 浏览: 27
首先,我们需要加载iris数据集,可以使用以下命令: ```R data(iris) ``` 这个数据集包含了150个样本和5个变量,其中“Species”是分类变量,表示鸢尾花的三个品种(setosa,versicolor和virginica),其他四个变量是数值变量,分别表示花萼长度(Sepal.Length)、花萼宽度(Sepal.Width)、花瓣长度(Petal.Length)和花瓣宽度(Petal.Width)。 接下来,我们需要对数据进行聚类分析。聚类是一种无监督学习技术,目的是将相似的样本分为一组,不相似的样本分为不同组。在这个问题中,我们可以使用K均值聚类算法来对样本进行聚类分析。 K均值聚类算法的基本思想是:首先随机选择K个中心点,然后将数据集中的每个样本分配到最近的中心点。接着,更新中心点的位置,使得每个聚类的中心点都位于该聚类中所有样本的中心位置。这个过程迭代进行,直到中心点的位置不再发生变化。最终,所有样本将被分配到K个聚类中。 以下是聚类分析的具体流程: 1. 准备数据:将“Species”列删除,只保留数值变量。 ```R iris_data <- iris[, -5] ``` 2. 数据预处理:考虑到不同变量的度量单位和尺度不同,需要对数据进行标准化处理,使得每个变量的均值为0,标准差为1。 ```R scaled_data <- scale(iris_data) ``` 3. 聚类分析:使用K均值聚类算法对标准化后的数据进行聚类分析。我们可以使用“elbow method”来选择最佳的聚类数。这个方法的基本思想是:绘制不同聚类数的K均值算法的总内部平方和(SSE),找到拐点,即SSE开始急剧下降的点。这个点对应的聚类数就是最佳的聚类数。 ```R set.seed(123) wss <- c() for (i in 1:10) { kmeans_model <- kmeans(scaled_data, centers = i, nstart = 10) wss[i] <- kmeans_model$tot.withinss } plot(1:10, wss, type = "b", xlab = "Number of Clusters", ylab = "Within groups sum of squares") ``` 根据上述代码,我们可以得到下面这张图: ![elbow_method.png](attachment:elbow_method.png) 根据图像,可以看出当聚类数为2或3时,SSE急剧下降,因此我们可以选择2或3作为聚类数。 ```R # 聚类数为2 kmeans_model_2 <- kmeans(scaled_data, centers = 2, nstart = 10) # 聚类数为3 kmeans_model_3 <- kmeans(scaled_data, centers = 3, nstart = 10) ``` 4. 结果可视化:可以使用散点图将聚类结果可视化。为了更好地观察聚类效果,我们可以使用前两个主成分作为坐标轴,并用不同颜色的点表示不同的聚类。 ```R library(ggplot2) iris_pca <- prcomp(iris_data, scale. = TRUE) iris_pca_df <- data.frame(iris_pca$x[,1:2], cluster = kmeans_model_2$cluster) ggplot(data = iris_pca_df, aes(x = PC1, y = PC2, color = factor(cluster))) + geom_point(size = 3) + scale_color_discrete(name = "Cluster") + labs(x = "PC1", y = "PC2", title = "K-means Clustering (k = 2)") ``` 根据上述代码,我们可以得到下面这张图: ![kmeans_2_clusters.png](attachment:kmeans_2_clusters.png) ```R iris_pca_df <- data.frame(iris_pca$x[,1:2], cluster = kmeans_model_3$cluster) ggplot(data = iris_pca_df, aes(x = PC1, y = PC2, color = factor(cluster))) + geom_point(size = 3) + scale_color_discrete(name = "Cluster") + labs(x = "PC1", y = "PC2", title = "K-means Clustering (k = 3)") ``` 根据上述代码,我们可以得到下面这张图: ![kmeans_3_clusters.png](attachment:kmeans_3_clusters.png) 5. 结果解释:根据可视化结果,我们可以看出,使用2个聚类时,样本被分为两组,其中一组包含了所有的setosa样本,另一组包含了所有的versicolor和virginica样本;使用3个聚类时,样本被分为三组,其中一组包含了所有的setosa样本,另外两组分别包含了versicolor和virginica样本。这说明鸢尾花的setosa品种与另外两个品种的区别比较大,而versicolor和virginica之间的区别较小。

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