blast怎么设置参数比对效果最好
时间: 2023-10-05 22:08:24 浏览: 309
Blast的参数设置与具体的序列数据和比对目的相关,因此需要根据具体情况进行调整。以下是一些常用的参数设置建议:
1. `-evalue`值的设置:期望值越小,比对结果越可靠,但也会增加比对时间。建议根据具体情况选择合适的值,一般建议在0.01以下。
2. `-word_size`值的设置:单词长度越长,比对结果越准确,但也会增加比对时间。建议选择适当的单词长度,一般建议在11-20之间。
3. `-gapopen`和`-gapextend`值的设置:罚分值越高,比对结果越准确,但也会增加比对时间。建议根据具体情况选择适当的罚分值,一般建议在1-5之间。
4. `-max_target_seqs`和`-num_threads`值的设置:根据计算机处理能力和比对数据集大小进行设置。一般建议`-max_target_seqs`不要设置过大,一般在几百到几千之间;`-num_threads`可以根据计算机CPU核数进行设置,一般设置为CPU核数的80%左右。
另外,还可以根据具体情况进行其他参数的调整,如查询掩码、数据库过滤、序列剪切等,以达到最佳比对效果。
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