blast怎么设置参数比对效果最好

Blast的参数设置与具体的序列数据和比对目的相关，因此需要根据具体情况进行调整。以下是一些常用的参数设置建议：

1. `-evalue`值的设置：期望值越小，比对结果越可靠，但也会增加比对时间。建议根据具体情况选择合适的值，一般建议在0.01以下。

2. `-word_size`值的设置：单词长度越长，比对结果越准确，但也会增加比对时间。建议选择适当的单词长度，一般建议在11-20之间。

3. `-gapopen`和`-gapextend`值的设置：罚分值越高，比对结果越准确，但也会增加比对时间。建议根据具体情况选择适当的罚分值，一般建议在1-5之间。

4. `-max_target_seqs`和`-num_threads`值的设置：根据计算机处理能力和比对数据集大小进行设置。一般建议`-max_target_seqs`不要设置过大，一般在几百到几千之间；`-num_threads`可以根据计算机CPU核数进行设置，一般设置为CPU核数的80%左右。

另外，还可以根据具体情况进行其他参数的调整，如查询掩码、数据库过滤、序列剪切等，以达到最佳比对效果。

相关问题

blast怎么设置参数比对结果最好

BLAST比对的参数设置应该根据具体的情况进行调整，以获得最好的比对结果。以下是一些常用的参数设置建议：

1. 比对算法：BLAST提供了多种比对算法，如BLASTN、BLASTP、BLASTX等。应根据待比对序列的类型选择合适的算法。

2. 数据库：BLAST支持多种数据库，如NCBI的NR、NT、Swiss-Prot、TrEMBL等。应根据待比对序列的特点和研究目的选择合适的数据库。

3. 期望的匹配程度（E-value）：E-value表示期望得到一个与查询序列相似度相同或更好的比对结果的概率。通常情况下，E-value越小，比对结果越可靠。但如果设定过小的E-value，会增加假阳性的比对结果。因此，应根据实际情况进行调整。

4. 比对得分：BLAST使用预设的得分体系进行比对。比对得分越高，表示比对结果越可信。可以根据实际情况进行调整。

5. 比对的阈值：可以设置比对的阈值，只有得分高于该阈值的比对结果才会被保留。阈值设置过高会漏掉一些真实的比对结果，阈值设置过低会引入噪声。应根据实际情况进行调整。

6. 比对窗口大小：BLAST算法采用的是滑动窗口的方式进行比对，窗口大小可以影响比对结果的准确度和速度。通常情况下，较长的窗口大小可以提高准确度，但会降低比对速度。应根据实际情况进行调整。

7. 比对的字母表：BLAST默认使用标准的氨基酸或核酸字母表进行比对。但对于一些非标准的氨基酸或核酸序列，可以选择使用扩展的字母表进行比对。

需要注意的是，以上参数设置建议并不是一成不变的，具体的参数设置应该根据具体的情况进行调整，并进行多次比对和验证，以获得最好的比对结果。

blast比对1500个基因用什么参数

对于BLAST比对，参数的选择应该根据具体的情况进行调整，包括待比对的序列长度、比对的数据库、比对的算法、期望的匹配程度等等。对于比对1500个基因的情况，一些常用的参数如下：

1. 比对算法选择：对于长序列或者比对的序列相似度较低的情况，可以选择BLASTN算法进行比对。对于比对的蛋白质序列，可以选择BLASTP算法进行比对。

2. 数据库选择：可以选择NCBI的NT数据库或者NR数据库进行比对。也可以根据具体的需求选择其他数据库。

3. 期望的匹配程度（E value）：E value越小，表示匹配的可信度越高。可以根据具体的需求调整E value的值。

4. 比对的阈值（cutoff）：可以设置一个比对的阈值，只有得分高于该阈值的比对结果才会被保留。

5. 多序列比对（MSA）：如果需要进行多个序列的比对，可以选择BLASTX或者TBLASTN算法进行比对。

需要注意的是，参数的选择应该根据具体的情况进行调整，不同的参数设置会对比对结果产生不同的影响。