fmriprep-docker 常用命令

fmriprep-docker 是一个用于进行功能性磁共振成像（fMRI）预处理的工具。下面是一些常用的命令：

1. 拉取 fmriprep-docker 镜像：

   docker pull nipreps/fmriprep

2. 运行 fmriprep-docker：

   docker run --rm -it -v /path/to/input/data:/data:ro -v /path/to/output:/output nipreps/fmriprep /data /output participant

- `/path/to/input/data` 是输入数据的本地路径，需要替换为实际的数据路径。
- `/path/to/output` 是输出结果的本地路径，需要替换为实际的输出路径。

3. 指定运行配置：

   docker run --rm -it -v /path/to/input/data:/data:ro -v /path/to/output:/output nipreps/fmriprep /data /output participant --participant-label <participant_label> --fs-license-file /path/to/license.txt --nthreads <num_threads> --omp-nthreads <num_omp_threads>

- `--participant-label` 可以指定特定的参与者/被试者进行处理。
- `--fs-license-file` 可以指定 FreeSurfer 的许可文件路径。
- `--nthreads` 和 `--omp-nthreads` 分别用于设置并行处理的线程数。

4. 查看帮助文档：

   docker run --rm nipreps/fmriprep --help

可以查看更多运行参数和帮助文档。

以上是 fmriprep-docker 的一些常用命令，你可以根据自己的需求进行配置和使用。注意在运行命令时要替换实际的路径和参数。