python下载BSgenome

BSgenome是一个用于处理生物序列数据的R包，但是也可以使用Python进行下载。具体步骤如下：

1.安装Biopython库

pip install biopython

2.导入相应的模块

from Bio import Entrez
from urllib.request import urlretrieve

3.设置邮箱地址

Entrez.email = "your.email@example.com"

4.使用Entrez.esearch函数搜索BSgenome

handle = Entrez.esearch(db="nuccore", term="BSgenome")
record = Entrez.read(handle)

5.获取搜索结果中的ID

id_list = record["IdList"]

6.使用Entrez.efetch函数下载BSgenome

for id in id_list:
    url = "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nuccore&id={}&rettype=fasta&retmode=text".format(id)
    filename = "{}.fasta".format(id)
    urlretrieve(url, filename)