请给出完整的示例,在一个有球形空腔的正方形内创建原子
时间: 2024-11-16 11:19:24 浏览: 30
在LAMMPS中,创建一个包含球形空腔的正方形区域并填充原子,首先需要设置好边界条件、创建空间区域,然后配置球形空腔,并最后添加原子。下面是一个简单的示例,我们将创建一个边长为5 Ångstrom的正方体盒子,中心有一个半径为2 Ångstrom的球形空腔:
```lmps
units metal
boundary pppp
# 创建一个边长为5 Ångstrom的正方体盒子
region box block -5 5 -5 5 -5 5
# 设置背景密度,这里假设我们正在模拟金属,密度大约为1 g/cm³
variable density = 1.0
# 创建原子,使用固定密度,密度乘以体积即为原子数量
create_atoms number $density * box vol
# 移动原子,将它们均匀分布在正方体内
velocity all create 0 0 0 480 480 480 temp 300.0
# 现在我们需要排除掉球形空腔内的原子
pair_style lj/cut 2.5
create_box sphere center 0 0 0 radius 2.0 region cavity
# 通过pair_coeff设置排除区域,使在cavity区域内作用力为零
pair_coeff * * 1.0 1.0 # 非常大的斥力,使得内部原子无法进入
fixexclude exclude all cavity
run 0 # 立刻运行以便观察初始结构
```
在这个例子中,`pair_coeff`设置了非常大的排斥力,保证了球形空腔内不会有原子存在。请注意,实际应用中可能需要调整数值以达到理想的效果。
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