用lammps中写一个大正方体中充满caf2,然后在正方体的中心有个小正方体加热熔化整个大正方体的具体完整代码
时间: 2024-09-28 20:14:13 浏览: 33
在LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) 中编写这样的模拟需要分几步,主要包括设置单元格、原子类型、结构初始化以及热源和熔化过程。这里是一个简单的示例代码,假设你已经在LAMMPS环境中安装并熟悉基本操作:
```lisp
; 首先设定系统参数
units metal
atom_style atomic
dimension 3
; 定义单元格大小,例如大正方体边长10 angstroms,小正方体边长1 angstroms
box lattice 10 10 10
boundary p p p
; 定义原子类型和化学式 caf2 (钙氟化物)
pair_style lj/cut 8.5 2.69
mass Ca 40.078
mass F 18.9984
atom_modify sort yes
read_data "caf2_structure.data" ; 假设有一个预先准备好的数据文件包含了caf2的大正方体结构
; 创建一个小正方体作为热点,位置在原点
create_box 0 0 0 1 1 1 0.5 0.5 0.5
region hotspot type f hot 10000 ; 设置热点区域的F原子温度为10000K
; 接下来进行分子动力学模拟
velocity all create 10000 10000 kelvin ; 给所有原子随机初始速度
run 0 ; 瞬间运行完成预处理
; 开始熔化过程
fix hotspot fix temp/berendsen 10000 1 0.1 100 1 ; 使用Berendsen算法控制热点区温度
thermo 100 ; 每100步打印一次温度统计信息
timestep 1 ; 时间步长为1 fs
run 10000000 ; 运行足够长时间直到整个系统达到接近熔融的状态
```
注意,这个例子假设你已经有了一个名为"caf2_structure.data"的数据文件,它应该包含了CAF2的大正方体结构,并且每个原子已经分配了类型。实际操作时,你需要根据你的结构和需求修改上述代码。
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