请解释一下open(INPUT_FILE, "<", "$ARGV[0]")||die"can't open file $ARGV[0].\n" ; open(OUTPUT_FILE, ">", "${ARGV[0]}_checked");
时间: 2023-11-07 20:37:04 浏览: 42
这是一段 Perl 语言的代码,用于读取一个输入文件并将处理结果写入一个输出文件。下面是代码的具体解释:
1. `open(INPUT_FILE, "<", "$ARGV[0]")`: 打开名为 `$ARGV[0]` 的文件,以只读模式读取该文件的内容。`$ARGV[0]` 是通过命令行参数传递给脚本的第一个参数,即输入文件的文件名。如果打开文件失败,则会执行 `die"can't open file $ARGV[0].\n"`,输出错误信息并退出程序。
2. `open(OUTPUT_FILE, ">", "${ARGV[0]}_checked")`: 打开一个名为 `${ARGV[0]}_checked` 的文件,以写入模式写入数据。`${ARGV[0]}_checked` 是输入文件名加上 `_checked` 后缀的新文件名。如果文件不存在,则会创建一个新文件。如果打开文件失败,则会抛出异常。
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翻译代码 ################### Coords2Link function,mummer out format 2 link ##################### sub Coords2Link { my $coords=shift; my $MinAlnLen=shift; my $syn=shift; open (CS,"$coords") || die "input file can't open $!"; open (OUTSYN,">$syn") || die "input file can't open $!"; <CS>;<CS>;<CS>;<CS>;<CS>; while(<CS>) { chomp ; my @inf=split ; next if ($inf[6]<90); next if ((abs($inf[1]-$inf[0])<$MinAlnLen) && (abs($inf[4]-$inf[3])<$MinAlnLen)); print OUTSYN "$inf[-2]\t$inf[0]\t$inf[1]\t$inf[-1]\t$inf[3]\t$inf[4]\n"; } close OUTSYN; close CS; } if($#ARGV<0) { usage ;exit(1) ; } if (($ARGV[0] eq "Paf2Link") || ($ARGV[0] eq "Paf2Syn" )) { Paf2Link($ARGV[1],$ARGV[2],$ARGV[3]); exit(0); } if (($ARGV[0] eq "Coords2Link") || ($ARGV[0] eq "Coords2Syn") ) { Coords2Link($ARGV[1],$ARGV[2],$ARGV[3]); exit(0); } my $InGenomeA; my $InGenomeB; my $help; my $OutPrefix; my $MinLenA; my $MinLenB; my $BinDir; my $MinAlnLen; my $MappingSoft="mummer"; my $NumThreads=6; my $MappingPara=""; foreach my $k (0..$#ARGV) { if ($ARGV[$k] eq "-MappingPara") { $MappingPara=$ARGV[$k+1]; splice(@ARGV,$k,2); last ; } } GetOptions( "InGenomeA:s"=>\$InGenomeA, "InGenomeB:s"=>\$InGenomeB, "OutPrefix:s"=>\$OutPrefix, "MinLenA:s"=>\$MinLenA, "MinLenB:s"=>\$MinLenB, "BinDir:s"=>\$BinDir, "MinAlnLen:s"=>\$MinAlnLen, "MinAlgLen:s"=>\$MinAlnLen, "MappingBin:s"=>\$MappingSoft, "NumThreads:s"=>\$NumThreads, "help"=>\$help, );
这是一个 Perl 代码,主要是用于将 MUMmer 输出的比对结果转化为链接格式的输出。其中包括两个子程序:Paf2Link 和 Coords2Link。Paf2Link 子程序用于将 PAF 格式的比对结果转化为链接格式的输出,Coords2Link 子程序用于将 coords 格式的比对结果转化为链接格式的输出。该代码还包括一些参数,如 InGenomeA、InGenomeB、OutPrefix、MinLenA、MinLenB、BinDir、MinAlnLen、MappingSoft、NumThreads 等。其中,“-MappingPara”是一个可选参数,用于指定映射参数。代码使用了 GetOptions 函数来处理命令行参数。
int main(int argc, const char** argv) { //****************************************获取数据***************************************************** const std::string input_filename = (argc > 1) ? argv[1] : CGAL::data_file_path("C:\\Users\\lwc\\source\\repos\\Project4\\x64\\Release\\output.xyz"); const char* output_filename = (argc > 2) ? argv[2] : "C:\\Users\\lwc\\source\\repos\\Project4\\x64\\Release\\113.xyz"; //输出文件名称 std::vector<PointVectorPair> points; if (!CGAL::IO::read_points(input_filename, std::back_inserter(points), CGAL::parameters::point_map(CGAL::First_of_pair_property_map<PointVectorPair>()) .normal_map(CGAL::Second_of_pair_property_map<PointVectorPair>()))) { std::cerr << "Error: cannot read file " << input_filename << std::endl; return EXIT_FAILURE; } //****************************************点云平滑************************************************* unsigned int k = 5; //邻近点数 double offset_radius = 0.01; CGAL::vcm_estimate_normals<std::vector<PointVectorPair>>(points, offset_radius, k, CGAL::parameters::point_map(CGAL::First_of_pair_property_map<PointVectorPair>()) .normal_map(CGAL::Second_of_pair_property_map<PointVectorPair>())); //使用vcm算法来获取每个点的法向量,后面的参数指定了我们的点与法向量对于的部分 //********************************************保存数据************************************************* if (!CGAL::IO::write_points(output_filename, points, CGAL::parameters::point_map(CGAL::First_of_pair_property_map<PointVectorPair>()) .normal_map(CGAL::Second_of_pair_property_map<PointVectorPair>()) .stream_precision(17))) return EXIT_FAILURE; std::cout << "计算结束!" << std::endl; return EXIT_SUCCESS; } 我想将此算法改成遍历文件夹应该怎么写
要实现遍历文件夹并对其中的每个文件进行相同的算法处理,你可以使用文件系统库(如<filesystem>)来获取文件夹中的所有文件名,并使用循环来逐个处理这些文件。
以下是示例代码,演示如何修改算法以遍历文件夹并对每个文件进行处理:
```cpp
#include <iostream>
#include <filesystem>
#include <vector>
#include <string>
#include <fstream>
#include <sstream>
#include <CGAL/IO/read_xyz_points.h>
#include <CGAL/IO/write_xyz_points.h>
#include <CGAL/Exact_predicates_inexact_constructions_kernel.h>
#include <CGAL/property_map.h>
#include <CGAL/Point_with_normal_3.h>
#include <CGAL/Point_set_3.h>
#include <CGAL/compute_average_spacing.h>
#include <CGAL/jet_estimate_normals.h>
typedef CGAL::Exact_predicates_inexact_constructions_kernel Kernel;
typedef Kernel::Point_3 Point_3;
typedef Kernel::Vector_3 Vector_3;
typedef CGAL::Point_with_normal_3<Kernel> Point_with_normal;
typedef CGAL::Point_set_3<Point_with_normal> Point_set;
int main(int argc, const char** argv)
{
std::string input_folder = "path/to/input/folder";
std::string output_folder = "path/to/output/folder";
// 遍历文件夹中的所有文件
for (const auto& entry : std::filesystem::directory_iterator(input_folder))
{
if (entry.is_regular_file())
{
std::string input_filename = entry.path().string();
std::string output_filename = output_folder + "/" + entry.path().filename().string();
std::cout << "Processing file: " << input_filename << std::endl;
// 读取点云数据
Point_set points;
std::ifstream input_file(input_filename);
if (!input_file)
{
std::cerr << "Error: cannot open file " << input_filename << std::endl;
continue;
}
if (!CGAL::read_xyz_points(input_file, points))
{
std::cerr << "Error: cannot read file " << input_filename << std::endl;
continue;
}
input_file.close();
// 计算法向量
CGAL::jet_estimate_normals(points.points(), 18);
// 保存处理后的点云数据
std::ofstream output_file(output_filename);
if (!output_file)
{
std::cerr << "Error: cannot create file " << output_filename << std::endl;
continue;
}
if (!CGAL::write_xyz_points(output_file, points.points()))
{
std::cerr << "Error: cannot write file " << output_filename << std::endl;
continue;
}
output_file.close();
std::cout << "Processed file: " << output_filename << std::endl;
}
}
std::cout << "All files processed!" << std::endl;
return EXIT_SUCCESS;
}
```
请注意,你需要将`"path/to/input/folder"`替换为实际的输入文件夹路径,将`"path/to/output/folder"`替换为实际的输出文件夹路径。在遍历文件夹时,代码将逐个处理每个文件,并将处理后的结果保存在输出文件夹中,文件名保持不变。
这段代码使用了CGAL库的`read_xyz_points`和`write_xyz_points`函数来读取和保存点云数据。如果你的数据格式不是XYZ格式,你需要相应地修改读取和保存函数,并使用适当的文件读写方法。
希望这可以帮助到你!如果你还有其他问题,请随时问我。
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