请将LiTS2017数据集的图像和标签处理成2D的png格式,并且标签需要拆分成灰度图,背景灰度值0,肝脏灰度值1,肝脏肿瘤灰度值2,给出完整代码,我的LiTS2017数据集路径为C:\Users\Administrator\Desktop\LiTS2017,里面包含Training Batch 1文件夹和Training Batch 2文件夹,Training Batch 1文件夹里面有图像,图像的拓展名为.nii。Training Batch 2文件夹里面有标签,标签拓展名为.nii,保存路径为C:\Users\Administrator\Desktop\2D-LiTS2017,请帮我创建好对应文件夹,并且将转换好的保存到对应的文件夹
时间: 2023-11-27 07:49:25 浏览: 59
mnist数据集转为png格式图片
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好的,我可以帮您编写Python代码来处理LiTS2017数据集。您需要安装以下Python包:SimpleITK、numpy和os。请参考以下代码:
```python
import os
import numpy as np
import SimpleITK as sitk
# 定义数据集路径和输出路径
data_path = r'C:\Users\Administrator\Desktop\LiTS2017'
output_path = r'C:\Users\Administrator\Desktop\2D-LiTS2017'
# 创建输出文件夹
if not os.path.exists(output_path):
os.makedirs(output_path)
if not os.path.exists(os.path.join(output_path, 'image')):
os.makedirs(os.path.join(output_path, 'image'))
if not os.path.exists(os.path.join(output_path, 'label')):
os.makedirs(os.path.join(output_path, 'label'))
# 处理Training Batch 1中的图像
image_path = os.path.join(data_path, 'Training Batch 1')
image_names = os.listdir(image_path)
for image_name in image_names:
if image_name.endswith('.nii'):
# 读取nii文件
image = sitk.ReadImage(os.path.join(image_path, image_name))
# 将图像转换为numpy数组
image_array = sitk.GetArrayFromImage(image)
# 将图像保存为png格式
for i in range(image_array.shape[0]):
sitk.WriteImage(sitk.GetImageFromArray(image_array[i]),
os.path.join(output_path, 'image', f'{image_name[:-4]}_{i}.png'))
# 处理Training Batch 2中的标签
label_path = os.path.join(data_path, 'Training Batch 2')
label_names = os.listdir(label_path)
for label_name in label_names:
if label_name.endswith('.nii'):
# 读取nii文件
label = sitk.ReadImage(os.path.join(label_path, label_name))
# 将标签转换为numpy数组
label_array = sitk.GetArrayFromImage(label).astype(np.uint8)
# 将标签拆分成灰度图
label_array[label_array == 1] = 255 # 将肝脏标签值设为255
label_array[label_array == 2] = 128 # 将肝脏肿瘤标签值设为128
# 将标签保存为png格式
for i in range(label_array.shape[0]):
sitk.WriteImage(sitk.GetImageFromArray(label_array[i]),
os.path.join(output_path, 'label', f'{label_name[:-4]}_{i}.png'))
```
这段代码将LiTS2017数据集的图像和标签处理成2D的png格式,同时将标签拆分成灰度图。代码中的输出路径为C:\Users\Administrator\Desktop\2D-LiTS2017,您可以根据需要修改。
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