我已经通过bedtools intersect将snoRNA和RBP(SMNDC1)的取交集得到一个bed文件,现在我需要得到SMNDC1这个RBP在snoRNA上下游的enrichment ratio,请问我需要怎样写这样的一个脚本,可能需要用到dict
时间: 2024-05-14 17:14:44 浏览: 179
可以使用Python中的字典(dict)来实现该脚本。以下是一个参考代码:
```python
import os
# 定义输入文件路径和输出文件路径
input_file = "snoRNA_RBP_intersect.bed"
output_file = "enrichment_ratio.txt"
# 定义snoRNA和RBP的字典
snoRNA_dict = {}
RBP_dict = {}
# 读取输入文件,将snoRNA和RBP的位置信息存储到字典中
with open(input_file, "r") as f:
for line in f:
fields = line.strip().split("\t")
chrom = fields[0]
start = int(fields[1])
end = int(fields[2])
name = fields[3]
if name.startswith("snoRNA"):
snoRNA_dict[name] = (chrom, start, end)
elif name == "SMNDC1":
RBP_dict[name] = (chrom, start, end)
# 计算每个snoRNA上下游的RBP数量和长度
enrichment_ratio_dict = {}
for snoRNA_name, snoRNA_pos in snoRNA_dict.items():
snoRNA_chrom, snoRNA_start, snoRNA_end = snoRNA_pos
upstream_RBP_count = 0
upstream_RBP_length = 0
downstream_RBP_count = 0
downstream_RBP_length = 0
for RBP_name, RBP_pos in RBP_dict.items():
RBP_chrom, RBP_start, RBP_end = RBP_pos
if RBP_chrom != snoRNA_chrom:
continue
if RBP_start >= snoRNA_end:
break
if RBP_end <= snoRNA_start:
continue
if RBP_start < snoRNA_start:
upstream_RBP_count += 1
upstream_RBP_length += min(RBP_end, snoRNA_end) - snoRNA_start
if RBP_end > snoRNA_end:
downstream_RBP_count += 1
downstream_RBP_length += snoRNA_end - max(RBP_start, snoRNA_start)
total_length = snoRNA_end - snoRNA_start
enrichment_ratio = (upstream_RBP_length + downstream_RBP_length) / total_length
enrichment_ratio_dict[snoRNA_name] = enrichment_ratio
# 将结果输出到文件
with open(output_file, "w") as f:
for snoRNA_name, enrichment_ratio in enrichment_ratio_dict.items():
f.write(snoRNA_name + "\t" + str(enrichment_ratio) + "\n")
print("Done.")
```
在该脚本中,首先读取输入文件并将snoRNA和RBP的位置信息存储到字典中。然后,计算每个snoRNA上下游的RBP数量和长度,并计算enrichment ratio。最后,将结果输出到文件中。
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