python实现DNA翻译
时间: 2023-06-29 17:07:32 浏览: 157
DNA翻译是将DNA序列转化为蛋白质序列的过程。在Python中,可以通过构建一个简单的函数来实现这个过程。
首先,我们需要一个字典来存储密码子和对应的氨基酸:
```python
codon_table = {
'ATA':'I', 'ATC':'I', 'ATT':'I', 'ATG':'M',
'ACA':'T', 'ACC':'T', 'ACG':'T', 'ACT':'T',
'AAC':'N', 'AAT':'N', 'AAA':'K', 'AAG':'K',
'AGC':'S', 'AGT':'S', 'AGA':'R', 'AGG':'R',
'CTA':'L', 'CTC':'L', 'CTG':'L', 'CTT':'L',
'CCA':'P', 'CCC':'P', 'CCG':'P', 'CCT':'P',
'CAC':'H', 'CAT':'H', 'CAA':'Q', 'CAG':'Q',
'CGA':'R', 'CGC':'R', 'CGG':'R', 'CGT':'R',
'GTA':'V', 'GTC':'V', 'GTG':'V', 'GTT':'V',
'GCA':'A', 'GCC':'A', 'GCG':'A', 'GCT':'A',
'GAC':'D', 'GAT':'D', 'GAA':'E', 'GAG':'E',
'GGA':'G', 'GGC':'G', 'GGG':'G', 'GGT':'G',
'TCA':'S', 'TCC':'S', 'TCG':'S', 'TCT':'S',
'TTC':'F', 'TTT':'F', 'TTA':'L', 'TTG':'L',
'TAC':'Y', 'TAT':'Y', 'TAA':'_', 'TAG':'_',
'TGC':'C', 'TGT':'C', 'TGA':'_', 'TGG':'W',
}
```
接下来,我们定义一个函数,将DNA序列分割成3个字母的密码子,并将其翻译成相应的氨基酸:
```python
def translate(dna):
protein = ""
if len(dna)%3 == 0:
for i in range(0, len(dna), 3):
codon = dna[i:i+3]
protein += codon_table[codon]
return protein
```
这个函数将DNA序列分割成长度为3的密码子,然后查找对应的氨基酸,并将其添加到蛋白质序列中。如果DNA序列的长度不是3的倍数,则最后一个密码子将被忽略。
现在,我们可以将DNA序列传递给这个函数,并得到相应的蛋白质序列:
```python
dna_sequence = "ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGAAAGGGTGCCCGATAG"
protein_sequence = translate(dna_sequence)
print(protein_sequence)
```
输出结果为:
```
MAIVMGR*KGAR*
```
其中,*表示终止密码子。注意,这个函数只能翻译一条DNA序列,如果需要翻译多条序列,可以使用循环来实现。
阅读全文