如何对于利用ct成像,已经提取出来的植物根系的二值化图片,图片为450x512x512,图片为png格式,图片分辨率为0.3mm,讲它堆栈成三维图像,骨架化以后,再去计算根系的总长度,利用3.8版本python,举个详细的例子
时间: 2024-02-27 17:52:52 浏览: 22
好的,让我来解答您的问题。
首先,您需要使用Python中的PIL库(Python Imaging Library)来读取PNG格式的图片。然后,您可以使用NumPy库将图像转换为数组,方便后续处理。
以下是一个示例代码,用于读取PNG格式的图像并将其转换为NumPy数组:
```python
from PIL import Image
import numpy as np
# 读取PNG图像
img = Image.open('image.png')
# 将图像转换为NumPy数组
arr = np.array(img)
```
然后,您需要使用scikit-image库中的`morphology`模块中的`skeletonize_3d()`函数将三维图像骨架化。以下是一个示例代码:
```python
from skimage.morphology import skeletonize_3d
# 骨架化三维图像
skeleton = skeletonize_3d(arr)
```
在这个例子中,我们使用了`morphology`模块中的`skeletonize_3d()`函数来骨架化三维图像。
接下来,您需要计算骨架化后根系的总长度。您可以使用NumPy库中的`sum()`函数来实现。以下是一个示例代码:
```python
# 计算骨架化后根系的总长度
total_length = np.sum(skeleton)
# 将总长度转换为实际长度(单位为毫米)
actual_length = total_length * 0.3
```
在这个例子中,我们将三维图像中所有像素的值相加,得到了骨架化后根系的总长度。然后,我们将总长度乘以图像的分辨率0.3mm,得到了实际长度。
最后,您需要将骨架化后的三维图像保存为PNG格式的文件。以下是一个示例代码:
```python
# 将骨架化后的三维图像保存为PNG格式的文件
skeleton_img = Image.fromarray(skeleton.astype(np.uint8)*255)
skeleton_img.save('skeleton.png')
```
在这个例子中,我们使用了PIL库中的`Image`模块来创建一个新的PNG格式的图像,并将骨架化后的三维图像保存到文件中。
以上就是一个详细的例子,用于利用ct成像,计算提取出来的植物根系的总长度。希望能够帮助到您!
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