python 环形热图
时间: 2023-10-14 08:06:57 浏览: 315
基于Python的热力图生成
环形热图是一种特殊的热图展示方式,相比于普通的热图,它沿着X轴弯曲展示基因数据,可以在更小的绘图版面与空间中展示更多的基因数据。
在Python中,可以使用ggplot库来创建环形热图。首先,使用ggplot()函数创建一个基础的绘图对象。然后,使用geom_tile()函数来添加热图的数据层,并设置fill参数来指定填充颜色。可以使用scale_fill_gradient2()函数来设置颜色渐变的范围和名称。
除了热图的数据层之外,还可以使用geom_bar()函数来添加注释条,并使用scale_fill_manual()函数来设置注释条的颜色。
为了将热图转化为环形热图,可以使用coord_polar()函数,并将theta参数设置为"x"。然后,使用theme_void()函数来去除背景和坐标轴的显示。可以使用xlim()函数来设置环形热图的展示范围。
最后,可以使用geom_text()函数来添加基因名称,并设置颜色、大小等属性。
具体代码如下:
p = ggplot()
# 添加热图数据层
p = p + geom_tile(data=data[which(data$group == 'treat'),], aes(x=1:nrow(res), y=1, fill=heat1), color='white')
p = p + scale_fill_gradient2(midpoint=0, low='green', mid="black", high='red', name='ONE')
# 添加注释条
p = p + geom_bar(data=annotation1, stat='identity', aes(x=1:nrow(res), y=0.25, fill=cancer), width=1, color=NA)
p = p + scale_fill_manual(name='annotation1', values=descolor1)
# 转化为环形热图
p = p + coord_polar(theta='x')
p = p + theme_void()
p = p + xlim(0, 21)
# 添加基因名称
p = p + geom_text(data=res, aes(x=x, y=4.6, label=x, angle=ang, hjust=hjust), color=rand_color(20), size=2)
请注意,这只是一个示例的代码框架,具体的数据和参数设置需要根据实际情况进行调整。<span class="em">1</span><span class="em">2</span><span class="em">3</span><span class="em">4</span>
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