检查此脚本的错误，并给出改正：#!/usr/bin/sh 2 #input# 3 datadir="/data2/huangl_data/trim_olive" #dir for fastq files# 4 idlist="/home/mahb/newChlor_assembly/list/choro_list.txt" #list of the individuals names# 5 sample1=".trim1.fq.gz" ##name of fastq files# 6 sample2=".trim2.fq.gz" 7 #seed_dir="/home/mahb/output/seed" ##the dir for seed fir# 8 9 #output# 10 output_dir="/home/mahb/output/" 11 #mkdir $output_dir 12 13 for i in `cat $idlist` 14 do 15 r1=$datadir"/""$i"$sample1 16 r2=$datadir"/""$i"$sample2 17 18 get_organelle_from_reads.py -1 $sample1 -2 $sample2 -s cp_seed.fasta -o plastome_output -R 30 -k 21,45,65,85,105 -F embplant_mt 19 20 done ~

有几个错误需要更正：

1. 第一行应该是 `#!/bin/bash` 而不是 `#!/usr/bin/sh`

2. 在第18行 `get_organelle_from_reads.py` 命令中，应该将 `$sample1` 和 `$sample2` 改成 `$r1` 和 `$r2`，否则会找不到文件。

3. 在第18行 `get_organelle_from_reads.py` 命令中，应该将 `-s cp_seed.fasta` 改成 `-S cp_seed.fasta`，否则会报错。

以下是改正后的脚本：

#!/bin/bash
#input#
datadir="/data2/huangl_data/trim_olive"  #dir for fastq files#
idlist="/home/mahb/newChlor_assembly/list/choro_list.txt"  #list of the individuals names#
sample1=".trim1.fq.gz"  ##name of fastq files#
sample2=".trim2.fq.gz"
#seed_dir="/home/mahb/output/seed" ##the dir for seed fir#

#output#
output_dir="/home/mahb/output/"
#mkdir $output_dir

for i in `cat $idlist`
do
r1=$datadir"/""$i"$sample1
r2=$datadir"/""$i"$sample2

get_organelle_from_reads.py -1 $r1 -2 $r2 -S cp_seed.fasta -o plastome_output -R 30 -k 21,45,65,85,105 -F embplant_mt

done