Soerensen-Dice系数热图R语言绘制

Soerensen-Dice系数是一种用于衡量两个样本集合相似度的指标，它介于0到1之间，值越大表示两者的相似度越高。在R语言中，你可以使用`pheatmap()`函数结合`Dice coef()`函数来创建基于Soerensen-Dice系数的热力图。以下是基本步骤：

1. 首先，你需要准备两个数据集，通常是矩阵或数据框形式，每个元素代表两个类别（可以理解为二分类任务）的计数。

2. 使用`Dice coef()`函数计算每一对样本之间的Soerensen-Dice系数。这个函数通常需要两个向量作为输入。

# 假设你的数据集分别存储在x和y中
dice_matrix <- Dice_coef(x, y)

3. 然后，将系数转换成适合展示的矩阵，比如对角线元素设置为NA，因为自相似度通常不需要显示。

dice_matrix[diag(dim(dice_matrix))] <- NA

4. 使用`pheatmap()`绘制热图，这里需要安装`pheatmap`包，如果尚未安装，可以用`install.packages("pheatmap")`。然后导入并绘制热力图：

library(pheatmap)

# 设置颜色映射和其他样式选项
col_colors <- cm.colors(99, rev = TRUE) # 或者选择你喜欢的颜色方案

pheatmap(as.matrix(dice_matrix), 
         cluster_rows = FALSE, # 如果不需要行聚类
         cluster_cols = FALSE, # 同理，列也不聚类
         scale="column", # 按列缩放
         color = col_colors,
         annotation_col = "NA", # 不添加列标题
         main = "Soerensen-Dice系数热图")