ggplot2绘制孟德尔随机化分析OR图
时间: 2023-07-05 18:09:09 浏览: 188
孟德尔随机化分析(Mendelian Randomization Analysis)常用来探究某种因果关系是否存在。而OR图(Odds Ratio Plot)则是一种常用的数据可视化工具,用于展示两组数据之间差异的大小和显著性。下面是使用ggplot2绘制孟德尔随机化分析OR图的示例代码:
```R
#加载所需的包
library(ggplot2)
library(metafor)
#构造数据
dat <- data.frame(treatment = c(0,1),
outcome = c(0.12, 0.08),
se = c(0.03, 0.04),
label = c("Control", "Treatment"))
#计算OR值
dat$OR <- exp(rma(ai=outcome*100, bi=(1-outcome)*100,
ci.lb=outcome-se*1.96, ci.ub=outcome+se*1.96,
data=dat)$b)
#绘制OR图
ggplot(dat, aes(x = label, y = OR, ymin = ci.lb, ymax = ci.ub)) +
geom_pointrange() +
geom_hline(yintercept = 1, linetype = "dashed") +
coord_flip() +
labs(x = "", y = "Odds Ratio") +
theme_minimal()
```
其中,`treatment`代表处理组的标识,`outcome`代表观测到的结果比例,`se`代表标准误差,`label`代表处理组和对照组的标签。通过`rma()`函数计算OR值,并将结果存储在`OR`列中。最后使用`ggplot()`函数绘制OR图,横轴为处理组和对照组的标签,纵轴为OR值,通过`geom_pointrange()`函数添加点和误差线,`geom_hline()`函数添加虚线表示OR值为1,`coord_flip()`函数交换横纵轴,`labs()`函数修改标签名称,`theme_minimal()`函数设置主题为简洁风格。