贝叶斯时空模型传染病预测代码
时间: 2023-08-10 11:02:26 浏览: 389
传染病预测涉及到很多不同的模型和方法,贝叶斯时空模型也是其中之一。下面是一个简单的贝叶斯时空模型的R语言代码示例,用于预测某种传染病在未来几个月内的发病情况:
```R
library(INLA) #加载INLA库
# 导入数据
data <- read.csv("data.csv")
# 构建空间和时间的协方差矩阵
D <- inla.spde2.matern(d=2, alpha=c(1e-5, 1e-5),
n = c(30, 30),
cov.model="matern",
cov.pars = c(0.1, 0.1),
type="covariance")
# 构建模型
formula <- cases ~ offset(log(population)) + f(time, model="rw2") + f(region, model="besag")
model <- inla(formula, family="poisson", data=data,
control.compute=list(dic=TRUE, waic=TRUE, cpo=TRUE),
control.predictor=list(A=1),
control.fixed=list(D=D))
# 预测未来三个月的发病情况
time_new <- data.frame(time=seq(max(data$time)+1, max(data$time)+3, by=1))
region_new <- data.frame(region=unique(data$region))
pred <- inla.predictor(model, newdata=list(time=time_new, region=region_new))
pred_mean <- pred$summary.fitted[,1]
```
请注意,这只是一个示例代码,可能不适用于您的具体情况。在实际应用中,您需要根据您的数据和问题进行适当的调整和修改。
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