AttributeError: module 'rdkit.Chem' has no attribute 'Mol2Writer'具体怎么解决?请举例
时间: 2023-10-30 08:56:13 浏览: 245
这个问题看起来是关于 Python 编程语言中 rdkit 化学包的一个错误。这个错误是在尝试使用 rdkit 包中的 Mol2Writer 类时出现的。要解决这个问题,需要检查以下几个方面:
1. 确保已正确安装了 rdkit 化学包,可以通过运行 import rdkit 来检查是否已正确安装。
2. 检查代码中是否正确导入了 Mol2Writer 类,可以通过 import rdkit.Chem.Mol2Writer 进行导入。
3. 确保使用的 rdkit 版本是否支持 Mol2Writer 类,可以通过在代码中运行 rdkit.__version__ 来检查当前 rdkit 版本。
如果以上检查都没有问题,还可以试着在代码中调用其他 rdkit 包中的类或函数,观察是否有其他错误出现。
举例代码:
import rdkit
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem import Mol2Writer
mol = Chem.MolFromSmiles('CCO')
AllChem.EmbedMolecule(mol)
AllChem.UFFOptimizeMolecule(mol)
# 写入 mol2 格式文件
with open('mol.mol2', 'w') as f:
writer = Mol2Writer(f)
writer.write(mol)
上面的示例代码创建了一个分子,并使用 rdkit 包中的 AllChem.EmbedMolecule 和 AllChem.UFFOptimizeMolecule 函数对其进行构象生成和优化,然后使用 Mol2Writer 类将化合物写入 mol2 格式文件中。如果 Mol2Writer 类可以正常导入并使用,就说明问题已经解决。
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