JSONObject对象put一个Element对象后报异常com.sun.jdi.InvocationException: Exception occurred in target VM occurred invoking method.

这个异常通常是因为put的Element对象中包含了无法序列化的数据类型，导致序列化失败。可以尝试检查一下put的Element对象中是否包含了自定义的类或者其他无法序列化的类型。

如果是自定义类，需要确保该类实现了Serializable接口，并且所有成员变量也都是可序列化的。如果有无法序列化的成员变量，可以通过使用transient关键字将其标记为不需要序列化。

如果还是无法解决问题，可以尝试使用其他序列化方式，比如JSON或者XML序列化。这些方式可以更灵活地控制序列化过程，并且对于自定义类型的支持也更好。