pymol linux 脚本保存

要在Pymol中保存Linux脚本，首先需要将脚本编写为一个文本文件。可以使用任何文本编辑器（例如gedit、nano或vi）来创建并编辑该文件，确保将其保存为以".py"为后缀的Python脚本文件。

在脚本中，可以使用Pymol的Python API来指定所需的操作和参数。例如，可以导入Pymol模块、打开一个分子文件、应用显示选项、设置渲染样式等等。脚本的功能和内容完全由用户自行决定。

编写完脚本后，可以通过命令行运行Pymol并指定脚本文件的路径。假设脚本名为"script.py"，可以在终端中输入以下命令来运行脚本：

pymol -c script.py

这将在无窗口模式下运行Pymol，并执行脚本中定义的操作。

要将Pymol输出保存为文件，可以在脚本中使用Pymol的保存命令来指定输出文件的路径和格式。例如，使用以下命令将Pymol场景保存为图像文件：

cmd.png("output.png", width=800, height=600, dpi=300)

这将生成一个名为"output.png"的图像文件，宽度为800像素、高度为600像素，分辨率为300 dpi。

最后，可以使用Linux的文件管理器或命令行来访问和移动所保存的Pymol脚本和输出文件。可以通过直接在终端中输入文件路径来打开和编辑脚本文件，或者使用命令复制、移动或重命名文件。