python统计许多条fastaA序列相同位点的碱基比例
时间: 2023-05-21 21:01:06 浏览: 83
可以使用Python中的BioPython库来处理fasta文件和序列数据,以下是一个示例代码:
```python
from Bio import SeqIO
# 读取fasta文件
records = list(SeqIO.parse("sequences.fasta", "fasta"))
# 统计碱基比例
base_counts = {}
for record in records:
for i, base in enumerate(record.seq):
if i not in base_counts:
base_counts[i] = {'A': 0, 'C': 0, 'G': 0, 'T': 0}
base_counts[i][base] += 1
# 输出结果
for i in sorted(base_counts.keys()):
total = sum(base_counts[i].values())
print("Position {}: A: {:.2f}%, C: {:.2f}%, G: {:.2f}%, T: {:.2f}%".format(
i+1,
base_counts[i]['A']/total*100,
base_counts[i]['C']/total*100,
base_counts[i]['G']/total*100,
base_counts[i]['T']/total*100
))
```
这段代码可以读取名为"sequences.fasta"的fasta文件,统计所有序列在相同位置的碱基比例,并输出结果。