MNE库中的filter_data函数

时间: 2023-08-07 12:02:51 浏览: 45
MNE库是一个用于处理脑电图(EEG)、脑磁图(MEG)和其他神经信号的Python库。其中的`filter_data`函数用于对数据进行滤波。 函数原型如下: ``` mne.filter.filter_data(data, sfreq, l_freq, h_freq, picks=None, filter_length='auto', l_trans_bandwidth='auto', h_trans_bandwidth='auto', n_jobs=1, method='fir', iir_params=None, phase='zero-double', fir_window='hamming', verbose=None) ``` 参数说明: - `data`: 待滤波的数据,可以是numpy数组或MNE的Raw或Epochs对象。 - `sfreq`: 采样频率。 - `l_freq`: 低通滤波截止频率。 - `h_freq`: 高通滤波截止频率。 - `picks`: 选择要进行滤波的数据通道索引。 - `filter_length`: FIR滤波器长度,可以是'auto'、'minmax'或一个整数值。 - `l_trans_bandwidth`: 低通滤波过渡带宽度,可以是'auto'或一个浮点数值。 - `h_trans_bandwidth`: 高通滤波过渡带宽度,可以是'auto'或一个浮点数值。 - `n_jobs`: 并行计算所使用的CPU核数。 - `method`: 滤波器类型,可以是'fir'或'iir'。 - `iir_params`: IIR滤波器参数,当`method`为'iir'时需要设置。 - `phase`: 滤波器相位类型,可以是'zero'、'zero-double'或'minimum'. - `fir_window`: FIR滤波器窗口函数类型,可以是'hamming'、'hann'、'blackman'等。 - `verbose`: 是否输出详细信息。 示例: ```python import mne import numpy as np # 生成一个随机的脑电信号 sfreq = 1000 # Hz times = np.arange(0, 10, 1/sfreq) # 10秒 data = np.random.randn(10, len(times)) # 对数据进行低通滤波 data_filtered = mne.filter.filter_data( data=data, sfreq=sfreq, l_freq=50, # 截止频率为50Hz h_freq=None # 不进行高通滤波 ) ```

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分析下这段代码:from mne import Epochs, pick_types, events_from_annotations from mne.io import concatenate_raws from mne.io import read_raw_edf from mne.datasets import eegbci import mne import numpy as np import pandas as pd import glob import numpy as np import os from scipy import signal, fft import matplotlib.pyplot as plt path_time = "ttt.csv" # 患者发病发病起止时间表 file_dir = "chb01" path_save = "data" # 选择患者共有的通道 ch = ['FP1-F7', 'F7-T7', 'T7-P7', 'P7-O1', 'FP1-F3', 'F3-C3', 'C3-P3', 'P3-O1', 'FP2-F4', 'F4-C4', 'C4-P4', 'P4-O2', 'FP2-F8', 'F8-T8', 'T8-P8-0', 'P8-O2', 'FZ-CZ', 'CZ-PZ', 'P7-T7', 'T7-FT9', 'FT9-FT10', 'FT10-T8'] sfreq = 256 bandFreqs = [ {'name': 'Delta', 'fmin': 1, 'fmax': 3}, {'name': 'Theta', 'fmin': 4, 'fmax': 7}, {'name': 'Alpha', 'fmin': 8, 'fmax': 13}, {'name': 'Beta', 'fmin': 14, 'fmax': 31}, {'name': 'Gamma', 'fmin': 31, 'fmax': 40} ] # 定义STFT函数 def STFT(epochsData, sfreq, band=bandFreqs): f, t, Zxx = signal.stft(epochsData, fs=sfreq) bandResult = [] for iter_freq in band: index = np.where((iter_freq['fmin'] < f) & (f < iter_freq['fmax'])) portion = np.zeros(Zxx.shape, dtype=np.complex_) portion[:, :, index, :] = Zxx[:, :, index, :] _, xrec = signal.istft(portion, fs=sfreq) # 保存滤波后的结果 bandResult.append(xrec) return bandResult time = pd.read_csv(path_time,index_col="chb") files = sorted(os.listdir(file_dir)) for file in files: if os.path.splitext(file)[1] == '.edf': f = os.path.splitext(file)[0] f_str = str(os.path.splitext(os.path.splitext(file)[0])[0]) if i == 0: raws = mne.io.read_raw_edf(file_dir+"/" + file,preload=True,verbose=False) raws.pick_channels(ch) raws.filter(0.1,50.,method='iir') raw_d,raw_t = raws[:,:] i+=1 else: i+=1 if f_str in time.index: time.loc[f_str]['start'] = time.loc[f_str]['start'] * 256 + len(raw_t) time.loc[f_str]['end'] = time.loc[f_str]['end']*256 + len(raw_t) raw = mne.io.read_raw_edf(file_dir+"/" + file, preload=True,verbose=False) raw.pick_channels(ch) raw.filter(0.1,50.,method='iir') raws = concatenate_raws([raws,raw]) raws_d, raw_t = raws[:,:] d, t = raws[:,:] data = d*1e6 stft = STFT(d, sfreq) pointNum = d.shape[0] stftFreq = np.abs(fft.fft(stft[:pointNum])) data = np.transpose(stftFreq, axes=(1,3,2,0)) np.save(path_save+"/"+file_dir+".npy",data)

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