本次赛题主要是对穿戴式心电图中的 STC 进行识别与筛查,是一个多标签 分类任务。STE 与 STE 并不互斥,可能同时发生在同一心电的不同的到导联中。 所用心电图数据均为 12 导联,其采样频率为 500Hz,每个心电信号长度为 15s。 数据保存为.mat 格式的文件,标签信息存在于.mat 文件中并最后汇总在文件夹下 的 Excel 表中。数据集共包括 5000 份心电图,其中 4000 份心电图用于训练包含180份STE,180 份 STD,180 份同时存在 STE 与 STD,以及 3460 份其它样本 数据集的阳性样本与总样本比例约为 1:11,是一个典型的不平衡多 标签分类任务。本赛题旨在挖掘稀少样例中所包含的有效信息,解决数据中存在 的分布不平衡问题,在尽可能减少误警的情况下提升阳性样例的检出率。请给出auprc最高的python实现代码

时间: 2024-02-25 18:55:47 浏览: 107
以下是一个可能实现高AUPRC的Python代码,使用了PyTorch和sklearn库: ```python import torch import torch.nn as nn import torch.optim as optim from torch.utils.data import Dataset, DataLoader from sklearn.metrics import average_precision_score import scipy.io as sio import pandas as pd import numpy as np # 加载数据 train_data = sio.loadmat('train_data.mat')['data'] train_labels = pd.read_excel('train_labels.xlsx', index_col=0).values # 定义数据集类 class ECGDataset(Dataset): def __init__(self, data, labels): self.data = data self.labels = labels def __len__(self): return len(self.labels) def __getitem__(self, idx): return self.data[idx], self.labels[idx] # 定义模型 class ECGNet(nn.Module): def __init__(self): super(ECGNet, self).__init__() self.conv1 = nn.Conv1d(in_channels=12, out_channels=32, kernel_size=5) self.pool1 = nn.MaxPool1d(kernel_size=2) self.conv2 = nn.Conv1d(in_channels=32, out_channels=64, kernel_size=5) self.pool2 = nn.MaxPool1d(kernel_size=2) self.fc1 = nn.Linear(in_features=64*36, out_features=256) self.fc2 = nn.Linear(in_features=256, out_features=4) self.sigmoid = nn.Sigmoid() def forward(self, x): x = self.pool1(torch.relu(self.conv1(x))) x = self.pool2(torch.relu(self.conv2(x))) x = x.view(-1, 64*36) x = torch.relu(self.fc1(x)) x = self.sigmoid(self.fc2(x)) return x # 训练模型 dataset = ECGDataset(train_data, train_labels) dataloader = DataLoader(dataset, batch_size=32, shuffle=True) device = torch.device("cuda:0" if torch.cuda.is_available() else "cpu") model = ECGNet().to(device) criterion = nn.BCELoss() optimizer = optim.Adam(model.parameters()) for epoch in range(10): running_loss = 0.0 for i, data in enumerate(dataloader, 0): inputs, labels = data inputs, labels = inputs.to(device), labels.to(device) optimizer.zero_grad() outputs = model(inputs) loss = criterion(outputs, labels) loss.backward() optimizer.step() running_loss += loss.item() print('[Epoch %d] loss: %.3f' % (epoch + 1, running_loss / len(dataloader))) # 预测并计算AUPRC test_data = sio.loadmat('test_data.mat')['data'] test_labels = pd.read_excel('test_labels.xlsx', index_col=0).values test_dataset = ECGDataset(test_data, test_labels) test_dataloader = DataLoader(test_dataset, batch_size=32) predictions = [] true_labels = [] with torch.no_grad(): for data in test_dataloader: inputs, labels = data inputs, labels = inputs.to(device), labels.to(device) outputs = model(inputs) predictions.append(outputs.cpu().numpy()) true_labels.append(labels.cpu().numpy()) predictions = np.concatenate(predictions, axis=0) true_labels = np.concatenate(true_labels, axis=0) auprc = average_precision_score(true_labels, predictions, average='weighted') print('AUPRC: %.3f' % auprc) ``` 请注意,这只是一个可能的实现,可能需要根据具体情况进行调整和优化。
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