hmmer的输出结果有什么格式
时间: 2024-04-02 19:37:35 浏览: 15
HMMER 的输出结果主要有三种格式:
1. Stockholm format:这是 HMMER 输出结果的默认格式。它包含了多序列比对的信息,每行表示一个序列的信息,以及该序列在比对中的位置和匹配的 HMM 模型信息。
2. Pfam format:这种格式与 Stockholm format 类似,但是它会额外包含一些 Pfam 数据库的注释信息,如序列的名称、功能等。
3. Table format:这种格式更加简洁,以表格的形式呈现 HMMER 比对结果,每一列表示一个序列的信息,如序列的名称、得分、E值、覆盖率等。
这些输出格式都可以通过 HMMER 的命令行参数进行选择和控制。通常情况下,Stockholm format 是最常用的输出格式,因为它包含了丰富的比对信息,并支持多序列比对的可视化。