读取DNA文件,计算出其互补反链写入新文件ANTIDNA1.txt存储在D盘根目录中,并且计算每段DNA的原链和互补链的G、C碱基含量,写入ANTIDNA1.txt文件末尾。
时间: 2024-03-02 22:51:49 浏览: 131
好的,下面是代码实现:
```python
# 定义一个函数用于计算互补反链
def reverse_complement(dna):
complement = {'A': 'T', 'C': 'G', 'G': 'C', 'T': 'A'}
return ''.join([complement[base] for base in dna[::-1]])
# 定义函数计算GC含量
def gc_content(dna):
gc = dna.count('G') + dna.count('C')
return gc / len(dna)
# 打开DNA1.txt文件并读取内容
with open('D:/DNA1.txt', 'r') as f:
dna_list = f.readlines()
# 定义一个空列表用于存储互补反链和GC含量
result = []
# 遍历DNA序列列表,计算互补反链和GC含量
for i in range(0, len(dna_list), 2):
dna = dna_list[i+1].strip()
rev_dna = reverse_complement(dna)
gc = gc_content(dna)
rev_gc = gc_content(rev_dna)
result.append(f'原链GC含量:{gc:.2f},互补反链GC含量:{rev_gc:.2f}\n')
result.append(f'>{dna_list[i].strip()}_reverse_complement\n{rev_dna}\n')
# 将结果写入ANTIDNA1.txt文件
with open('D:/ANTIDNA1.txt', 'w') as f:
f.writelines(result)
```
运行代码后,会在D盘根目录下生成ANTIDNA1.txt文件,其中包含每段DNA序列的互补反链和原链、互补反链的GC含量。
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