读取DNA文件,计算出其互补反链写入新文件ANTIDNA1.txt存储在D盘根目录中,并且计算每段DNA的原链和互补链的G、C碱基含量,写入ANTIDNA1.txt文件末尾。

时间: 2024-03-02 17:51:49 浏览: 17
好的,下面是代码实现: ```python # 定义一个函数用于计算互补反链 def reverse_complement(dna): complement = {'A': 'T', 'C': 'G', 'G': 'C', 'T': 'A'} return ''.join([complement[base] for base in dna[::-1]]) # 定义函数计算GC含量 def gc_content(dna): gc = dna.count('G') + dna.count('C') return gc / len(dna) # 打开DNA1.txt文件并读取内容 with open('D:/DNA1.txt', 'r') as f: dna_list = f.readlines() # 定义一个空列表用于存储互补反链和GC含量 result = [] # 遍历DNA序列列表,计算互补反链和GC含量 for i in range(0, len(dna_list), 2): dna = dna_list[i+1].strip() rev_dna = reverse_complement(dna) gc = gc_content(dna) rev_gc = gc_content(rev_dna) result.append(f'原链GC含量:{gc:.2f},互补反链GC含量:{rev_gc:.2f}\n') result.append(f'>{dna_list[i].strip()}_reverse_complement\n{rev_dna}\n') # 将结果写入ANTIDNA1.txt文件 with open('D:/ANTIDNA1.txt', 'w') as f: f.writelines(result) ``` 运行代码后,会在D盘根目录下生成ANTIDNA1.txt文件,其中包含每段DNA序列的互补反链和原链、互补反链的GC含量。

相关推荐

最新推荐

recommend-type

python批量读取文件名并写入txt文件中

主要为大家详细介绍了python批量读取文件名并写入txt文件中,具有一定的参考价值,感兴趣的小伙伴们可以参考一下
recommend-type

Python实现读取txt文件中的数据并绘制出图形操作示例

主要介绍了Python实现读取txt文件中的数据并绘制出图形操作,涉及Python文件读取、数值运算及基于pylab库的图形绘制相关操作技巧,需要的朋友可以参考下
recommend-type

Android开发实现读取Assets下文件及文件写入存储卡的方法

主要介绍了Android开发实现读取Assets下文件及文件写入存储卡的方法,涉及Android文件与目录的读取、写入、转换等相关操作技巧,需要的朋友可以参考下
recommend-type

Javascript写入txt和读取txt文件示例

主要介绍了Javascript写入txt和读取txt文件的方法,需要的朋友可以参考下
recommend-type

c++读取和写入TXT文件的整理方法

今天小编就为大家分享一篇c++读取和写入TXT文件的整理方法,具有很好的参考价值,希望对大家有所帮助。一起跟随小编过来看看吧
recommend-type

zigbee-cluster-library-specification

最新的zigbee-cluster-library-specification说明文档。
recommend-type

管理建模和仿真的文件

管理Boualem Benatallah引用此版本:布阿利姆·贝纳塔拉。管理建模和仿真。约瑟夫-傅立叶大学-格勒诺布尔第一大学,1996年。法语。NNT:电话:00345357HAL ID:电话:00345357https://theses.hal.science/tel-003453572008年12月9日提交HAL是一个多学科的开放存取档案馆,用于存放和传播科学研究论文,无论它们是否被公开。论文可以来自法国或国外的教学和研究机构,也可以来自公共或私人研究中心。L’archive ouverte pluridisciplinaire
recommend-type

实现实时数据湖架构:Kafka与Hive集成

![实现实时数据湖架构:Kafka与Hive集成](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/10eb2e6972b3b6086286fc64c0b3ee41.jpeg) # 1. 实时数据湖架构概述** 实时数据湖是一种现代数据管理架构,它允许企业以低延迟的方式收集、存储和处理大量数据。与传统数据仓库不同,实时数据湖不依赖于预先定义的模式,而是采用灵活的架构,可以处理各种数据类型和格式。这种架构为企业提供了以下优势: - **实时洞察:**实时数据湖允许企业访问最新的数据,从而做出更明智的决策。 - **数据民主化:**实时数据湖使各种利益相关者都可
recommend-type

解释minorization-maximization (MM) algorithm,并给出matlab代码编写的例子

Minorization-maximization (MM) algorithm是一种常用的优化算法,用于求解非凸问题或含有约束的优化问题。该算法的基本思想是通过构造一个凸下界函数来逼近原问题,然后通过求解凸下界函数的最优解来逼近原问题的最优解。具体步骤如下: 1. 初始化参数 $\theta_0$,设 $k=0$; 2. 构造一个凸下界函数 $Q(\theta|\theta_k)$,使其满足 $Q(\theta_k|\theta_k)=f(\theta_k)$; 3. 求解 $Q(\theta|\theta_k)$ 的最优值 $\theta_{k+1}=\arg\min_\theta Q(
recommend-type

JSBSim Reference Manual

JSBSim参考手册,其中包含JSBSim简介,JSBSim配置文件xml的编写语法,编程手册以及一些应用实例等。其中有部分内容还没有写完,估计有生之年很难看到完整版了,但是内容还是很有参考价值的。