已有15组样本log2(CPM+1)的基因表达矩阵txt文件，且每组样本5至6个生物学重复，画3DPCA的R语言代码

以下是已有15组样本log2(CPM+1)的基因表达矩阵txt文件，且每组样本5至6个生物学重复，画3DPCA的R语言代码：

# 加载所需的库
library(plotly)

# 读取数据
data <- read.table("log2_CPM.txt", header=TRUE, row.names=1, check.names=FALSE)

# 提取每组样本的均值
groupMeans <- aggregate(data, by=list(substr(colnames(data),1,2)), FUN=mean)

# 进行3DPCA
pca <- prcomp(groupMeans[,-1], scale=TRUE)
pc1 <- pca$x[,1]
pc2 <- pca$x[,2]
pc3 <- pca$x[,3]

# 绘制3DPCA图
plot_ly(x=pc1, y=pc2, z=pc3, color=groupMeans$Group.1, type="scatter3d", mode="markers")

其中，log2_CPM.txt 是已经进行log2(CPM+1)转换后的基因表达矩阵，第一列为基因名，其余列为样本的表达值。在代码中，我们通过 substr 函数提取了每组样本的编号（前两个字符），并使用 aggregate 函数计算了每组样本的均值。最后，我们使用 prcomp 函数进行3DPCA，然后绘制3DPCA图，以组别为颜色分类。