A USER ERROR has occurred: Couldn't read file. Error was: ../02.mapping/L353.sort.markdup.bam with exception: Cannot read non-existent file: file:///home/ug1341/Part1.variant_calling/03.SNP_indel_bcftools/../02.mapping/L353.sort.markdup.bam 怎么解决

根据错误信息，脚本无法读取文件 `../02.mapping/L353.sort.markdup.bam`，因为它是一个不存在的文件。要解决这个问题，你可以尝试以下几个步骤：

1. 确保文件路径是正确的：检查文件路径 `../02.mapping/L353.sort.markdup.bam` 是否正确。可能是文件路径中的某个部分有误导致无法找到文件。确保路径中的每个目录都存在，并且文件名也正确。

2. 检查文件权限：检查文件 `L353.sort.markdup.bam` 的权限设置。确保你有足够的权限读取该文件。可以使用 `ls -l` 命令来查看文件权限，并使用 `chmod` 命令修改权限。

3. 检查文件是否存在：确认文件 `L353.sort.markdup.bam` 是否存在于指定的路径中。你可以使用 `ls` 命令来检查文件是否存在。

4. 检查文件是否完整：如果文件存在但无法读取，可能是文件损坏或不完整。确保文件没有被意外删除或损坏。你可以尝试重新生成或获取该文件。

如果以上步骤都没有解决问题，你可能需要检查脚本中的其他配置和参数设置，以确保正确指定了输入文件路径。如果问题仍然存在，可能需要进一步检查脚本的代码或寻求更多专业支持来解决该问题。