library(tidyverse) library(vegan) library(ggpubr) #设置新罗马字体 windowsFonts(A=windowsFont("Times New Roman"), B=windowsFont("Arial")) #读取数据 setwd("D:/R") df <- read.csv("NMDS.csv",header = T) #nmds分析 nmds <- metaMDS(select(df, starts_with("OTU"))) str(nmds) scores(nmds)$sites %>% cbind(df) %>% ggplot(aes(x = NMDS1, y = NMDS2)) + geom_point(aes(size = 0.5, color = Group)) + stat_chull(geom = "polygon", aes(group = Group, color = Group, fill = Group), alpha = 0.1) + annotate("text", x = -0.15, y = 0.1, label = paste0("stress: ", format(nmds$stress, digits = 4)), hjust = 0) + theme_bw(base_size = 18)+ theme(text=element_text(family="A",size=20))

这段代码是一段NMDS分析的代码，如果你想修改这段代码，可以根据你的具体需求进行修改，以下是一些可能的修改建议：

1. 修改文件路径：根据你的数据存储位置，修改以下代码中的路径：

setwd("D:/R")
df <- read.csv("NMDS.csv",header = T)

2. 修改绘图参数：根据你的绘图需求，修改以下代码中的绘图参数，如颜色、点的大小、字体等等：

geom_point(aes(size = 0.5, color = Group)) +   # 修改点的大小和颜色
annotate("text", x = -0.15, y = 0.1, label = paste0("stress: ", format(nmds$stress, digits = 4)), hjust = 0) +  # 修改注释的位置和字体
theme_bw(base_size = 18)+   # 修改字体大小
theme(text=element_text(family="A",size=20))  # 修改字体类型和大小

3. 修改分析方法：根据你的分析需求，修改以下代码中的分析方法和参数：

nmds <- metaMDS(select(df, starts_with("OTU")))

这里使用了vegan包中的metaMDS函数进行NMDS分析，你可以根据需要选择其他方法或改变参数。

希望这些修改建议对你有所帮助。