rust读取fasta文件
时间: 2023-05-21 08:07:35 浏览: 224
filebuffer:快速简单的Rust读取文件
Rust 读取 fasta 文件的代码可以使用 bio 库来实现,可以像下面这样实现:
```rust
use std::io::{BufReader, BufRead};
use std::fs::File;
fn main() {
let f = File::open("seqs.fasta").unwrap();
let reader = BufReader::new(f);
let mut id = String::new();
let mut seq = String::new();
for line in reader.lines() {
let line = line.unwrap();
if line.starts_with('>') {
if !id.is_empty() {
println!("ID: {}\nSeq: {}", id, seq);
seq.clear();
}
id = line[1..].trim().to_string();
} else {
seq += &line.trim();
}
}
println!("ID: {}\nSeq: {}", id, seq);
}
```
其中,seqs.fasta 是一个 fasta 文件,可以更换成你所需的文件名。
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