用python提取fasta文件的ID和字符N并生成新文件
时间: 2024-02-03 07:02:39 浏览: 65
分割fasta文件的python脚本
你好,这个问题可以使用Python的字符串处理和文件读写功能来实现。以下是一个简单的代码示例:
```python
with open('input.fasta', 'r') as rf:
with open('output.txt', 'w') as wf: # 新文件名为output.txt
for line in rf:
line = line.strip() # 去除换行符
if line.startswith('>'): # 获得ID
id = line[1:]
else: # 获得字符N
n = line.count('N')
wf.write(id + '\t' + str(n) + '\n')
```
这个代码会从一个名为input.fasta的文件中读取序列信息,并根据FASTA文件格式逐行处理。如果一行以">"开始,则将ID提取出来并保存,否则统计该行字符N的数量,并将ID和字符N写入到名为output.txt的新文件中。注意,以上代码仅供参考,具体实现可能需要根据实际情况进行调整,如修改文件名、路径等信息。希望能对你有所帮助!
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