如何用PANTHER做GO分析

PANTHER（Protein ANalysis THrough Evolutionary Relationships）是一种基于进化关系进行蛋白质分类和分析的工具，可以用于GO（Gene Ontology）分析。以下是使用PANTHER进行GO分析的步骤：

1. 访问PANTHER网站（http://www.pantherdb.org/）并注册一个账户。

2. 在“Analysis”选项卡下选择“GO Analysis”。

3. 输入您的基因或蛋白质列表，可以使用UniProt ID、RefSeq ID或者FASTA格式的序列。

4. 选择您的物种并选择PANTHER数据库版本。

5. 点击“Run Analysis”按钮进行分析。

6. 分析完成后，您将获得一个包含GO注释和统计结果的报告。

7. 您可以使用这些结果进行下游分析，例如Functional Enrichment分析或者Pathway Analysis等。

请注意，PANTHER的GO分析结果仅供参考，需要结合其他实验数据和文献信息进行综合分析。

相关问题

PANTHER数据库如何做GO分析

要在PANTHER数据库中进行GO分析，需要遵循以下步骤：

1. 访问PANTHER数据库网站并创建一个帐户。

2. 在PANTHER网站的主页上，选择“功能分类（GO）”选项卡，然后选择“GO分析”子选项卡。

3. 输入基因列表或上传一个文件，然后选择分析类型。

4. 选择一个参考基因组和统计显著性阈值。

5. 点击“运行分析”按钮，等待分析结果。

6. 查看分析结果报告，这将包括已分配GO注释的基因列表、GO富集分析图和表格等。

需要注意的是，PANTHER数据库的GO分析仅限于已知的物种。如果您的物种不在数据库中，您需要先进行物种注释，然后才能进行GO分析。

做GO富集分析的GOC网站的网址

以下是一些常用的GO富集分析网站：

1. DAVID (Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery): https://david.ncifcrf.gov/

2. Enrichr: http://amp.pharm.mssm.edu/Enrichr/

3. GOrilla: http://cbl-gorilla.cs.technion.ac.il/

4. ToppGene Suite: https://toppgene.cchmc.org/enrichment.jsp

5. g:Profiler: https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost

6. PANTHER (Protein ANalysis THrough Evolutionary Relationships): http://www.pantherdb.org/

7. WebGestalt: http://www.webgestalt.org/option.php

希望能对您有所帮助！