times <- seq(0, 54, 1) res.seir<-as.data.frame(lsoda(y = init, times = times, func = seir, parms = pars2)) res.seir <- round(res.seir)

时间: 2024-04-27 13:23:01 浏览: 20
这段代码的作用是对SEIR模型进行求解,并将求解结果存储在名为res.seir的数据框中。具体来说,这段代码首先生成一个从0到54,间隔为1的时间序列,存储在变量times中。接着,使用lsoda函数对SEIR模型进行求解,其中y = init表示模型初始状态,func = seir表示模型的ODE方程,parms = pars2表示模型的参数。求解结果是一个矩阵,其中每一列对应于一个状态变量在不同时间点的取值。最后,使用round函数对求解结果进行四舍五入,并将结果存储在res.seir中。
相关问题

x_label <- seq(from=as.Date("2022/2/25"),to=as.Date("2022/5/25"),by=7)

这是一段 R 代码,用于创建一个日期序列。具体来说,它使用了以下参数: - `from`:起始日期,这里是2022年2月25日 - `to`:结束日期,这里是2022年5月25日 - `by`:步长,这里是7天,即一周 该代码将生成一个长度为14的日期向量,每个元素的间隔为一周,可以用于在 R 中创建一个时间序列。

R代码library(splines)# 定义输入坐标x <- seq(0, 2*pi, length.out = 20)y <- seq(0, 2*pi, length.out = 20)# 创建 X 和 Y 矩阵X <- as.matrix(rep(x, length(y)))Y <- as.matrix(rep(y, each = length(x)))# 创建 Z 矩阵Z <- sin(X) * cos(Y)# 创建 B 样条对象bs <- smooth.2d(Z, x, y)# 计算 B 样条曲面上的值Z_pred <- predict(bs, eval.grid = list(x = x, y = y))# 可视化结果library(plotly)plot_ly(x = X, y = Y, z = Z_pred, type = "surface"),运行后bs <- smooth.2d(Z, x, y)出现错误,Error in x[, 1] : incorrect number of dimensions是为什么,应该怎么改

这个错误可能是因为 `smooth.2d()` 函数的输入参数 `x` 和 `y` 不是矩阵或数组。你可以尝试将它们转换成矩阵或数组,使用以下代码行来替换原来的代码: ``` X <- matrix(rep(x, length(y)), nrow = length(x), ncol = length(y)) Y <- matrix(rep(y, each = length(x)), nrow = length(x), ncol = length(y)) ``` 这样,你就可以将 `X` 和 `Y` 作为输入参数传递给 `smooth.2d()` 函数,代码变成: ``` bs <- smooth.2d(Z, X, Y) ``` 然后运行后面的代码就可以得到预期的结果了。

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请在以下R代码基础上:# ①建立50×30的随机数据和30个变量 set.seed(123) X <- matrix(rnorm(50*30), ncol=30) y <- rnorm(50) # ②生成三组不同系数的线性模型 beta1 <- rnorm(30, mean=1, sd=0.5) beta2 <- rnorm(30, mean=2, sd=0.5) beta3 <- rnorm(30, mean=3, sd=0.5) # 定义一个函数用于计算线性回归的CV值 cv_linear <- function(X, y, k=10, lambda=NULL) { n <- nrow(X) if (is.null(lambda)) { lambda <- seq(0, 1, length.out=100) } mse <- rep(0, length(lambda)) folds <- sample(rep(1:k, length.out=n)) for (i in 1:k) { X_train <- X[folds!=i, ] y_train <- y[folds!=i] X_test <- X[folds==i, ] y_test <- y[folds==i] for (j in 1:length(lambda)) { fit <- glmnet(X_train, y_train, alpha=0, lambda=lambda[j]) y_pred <- predict(fit, newx=X_test) mse[j] <- mse[j] + mean((y_test - y_pred)^2) } } mse <- mse / k return(mse) } # ③(线性回归中)分别计算这三组的CV值 lambda <- seq(0, 1, length.out=100) mse1 <- cv_linear(X, y, lambda=lambda) mse2 <- cv_linear(X, y, lambda=lambda) mse3 <- cv_linear(X, y, lambda=lambda) # ④(岭回归中)分别画出这三组的两张图,每组两张图均以lambda为横坐标: library(glmnet) par(mfrow=c(2,3)) # 画Beta1的CV error图 plot(lambda, mse1, type="l", xlab="lambda", ylab="CV error", main="Beta1 CV error") # 画Beta1的Prediction error图 fit1 <- glmnet(X, y, alpha=0, lambda=lambda[which.min(mse1)]) y_pred1 <- as.vector(predict(fit1, newx=X)) pred_error1 <- mean((y - y_pred1)^2) lambda <- as.vector(lambda) pred_error1 <- as.vector(pred_error1) if (length(lambda) != length(pred_error1)) { if (length(lambda) > length(pred_error1)) { pred_error1 <- rep(pred_error1, length.out = length(lambda)) } else { lambda <- rep(lambda, length.out = length(pred_error1)) } } plot(lambda, pred_error1, type="l", xlab="lambda", ylab="Prediction error", main="Beta1 Prediction error") # 画Beta2的CV error图 plot(lambda, mse2, type="l", xlab="lambda", ylab="CV error", main="Beta2 CV error") # 画Beta2的Prediction error图 fit2 <- glmnet(X, y, alpha=0, lambda=lambda[which.min(mse2)]) y_pred2 <- predict(fit2, newx=X) pred_error2 <- mean((y - y_pred2)^2) plot(lambda, pred_error2, type="l", xlab="lambda", ylab="Prediction error", main="Beta2 Prediction error") # 画Beta3的CV error图 plot(lambda, mse3, type="l", xlab="lambda", ylab="CV error", main="Beta3 CV error") # 画Beta3的Prediction error图 fit3 <- glmnet(X, y, alpha=0, lambda=lambda[which.min(mse3)]) y_pred3 <- predict(fit3, newx=X) pred_error3 <- mean((y - y_pred3)^2) plot(lambda, pred_error3, type="l", xlab="lambda", ylab="Prediction error", main="Beta3 Prediction error")。对每组数据绘制纵坐标为Prediction error的图的代码进行修改

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