from skan import csr如何安装
时间: 2023-11-25 17:08:51 浏览: 34
你可以使用pip来安装skan库,如下所示:
```
pip install skan
```
这将会自动安装skan库及其依赖项。请注意,skan需要scikit-image、numpy、scipy和pandas库,这些库也将被自动安装。
安装完成之后,你可以在Python中导入skan库,执行骨架化和计算三维根系总长度的操作。
相关问题
from skan import TreeMetrics导入提示 TreeMetrics红色
如果在导入`skan`库的`TreeMetrics`类时出现了红色提示,可能是因为你的Python环境中没有安装最新的版本的`skan`库。
请尝试使用以下命令来更新或安装最新版本的`skan`库:
```
pip install --upgrade skan
```
如果更新或安装后仍然出现问题,请检查是否存在其他版本的`skan`库,可能需要卸载旧版本并重装最新版本。同时,如果你使用的是PyCharm等IDE,也可以尝试重启IDE或更新IDE版本,有时候这也会解决一些导入问题。
csr.summarise用什么代替
skan的最新版本(v0.8.3)已经弃用了`csr.summarise`函数,取而代之的是`skan.TreeMetrics`类。你可以按照以下方式来计算根系的总长度:
```python
from skan import TreeMetrics
skeleton_graph, coordinates, degrees = csr.skeleton_to_csgraph(skeleton)
branch_data = TreeMetrics(skeleton_graph, spatial_calibrations=0.3).raw_data
total_length = branch_data['branch-distance'].sum()
```
在这个例子中,我们使用了`TreeMetrics`类来计算分支的长度,其中`skeleton_graph`是通过骨架化生成的,`spatial_calibrations`是根据图像分辨率设置的空间标定因子。`raw_data`属性返回一个pandas DataFrame,其中包含了一些有关分支的信息,包括分支的长度、父分支和子分支的ID等。因此,我们可以使用`branch-distance`列来获取分支的长度,最后对所有分支长度进行求和从而计算出根系的总长度。
如果你想要使用旧版本的skan库,可以使用`csr.summarize`函数来计算根系的总长度,如前面所述。
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