R语言生存分析(ROC)代码
时间: 2023-11-24 10:06:20 浏览: 143
以下是一个简单的R语言生存分析(ROC)代码示例:
```R
# 加载所需的库
library(survival)
library(rms)
# 读取数据
data(lung)
# 创建生存对象
surv_obj <- Surv(lung$time, lung$status)
# 计算生存ROC曲线
survival_roc <- survROC(surv_obj, lung$sex)
# 绘制ROC曲线
plot(survival_roc, main = "Survival ROC Curve", xlab = "1 - specificity", ylab = "Sensitivity")
```
这里使用了`survival`和`rms`库来进行生存分析和ROC曲线绘制。具体步骤包括读取数据、创建生存对象,计算生存ROC曲线,最后绘制ROC曲线。这里的`lung`数据集是`survival`库中自带的,可以直接使用。
相关问题
r语言cox回归及roc曲线
Cox回归是一种常用的生存分析方法,可以用来研究某个因素对于生存时间的影响。ROC曲线则是一种评估分类模型性能的方法。
在R中,我们可以使用survival包来进行Cox回归分析。下面是一个示例代码:
```R
library(survival)
# 导入数据
data(lung)
# 构建Cox回归模型
fit <- coxph(Surv(time, status) ~ age + sex + ph.ecog, data = lung)
# 输出模型摘要
summary(fit)
# 计算每个变量的置信区间
confint(fit)
# 绘制ROC曲线
library(pROC)
roc_obj <- roc(lung$status, -fit$linear.predictors)
plot(roc_obj)
```
这段代码使用了肺癌数据集(lung),其中time表示生存时间,status表示是否死亡(1表示死亡,0表示未死亡)。我们使用age、sex和ph.ecog三个变量作为预测因子,构建Cox回归模型。然后输出模型摘要和每个变量的置信区间。最后使用pROC包绘制ROC曲线。
需要注意的是,Cox回归和ROC曲线的使用并不限于生存分析。在其他领域也可以使用这些方法来研究因素与结果之间的关系。
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