根据基因组文件和gff3文件提取启动子序列Python

可以使用Biopython和pandas库来处理基因组文件和gff3文件，并提取启动子序列。

首先，使用Biopython中的SeqIO来读取基因组文件，如下所示：

from Bio import SeqIO

genome_file = "genome.fa"
genome = SeqIO.read(genome_file, "fasta")

然后，使用pandas库读取gff3文件，并筛选出需要的基因的信息，如下所示：

import pandas as pd

gff_file = "genes.gff3"
df = pd.read_csv(gff_file, sep="\t", comment="#", header=None)

# 筛选出需要的基因，例如gene_id为"ABC123"
gene_id = "ABC123"
gene_df = df[df[2] == "gene"]
gene_df = gene_df[gene_df[8].str.contains(gene_id)]

# 获取基因的起始位置和方向
start = gene_df.iloc[0, 3]
end = gene_df.iloc[0, 4]
strand = gene_df.iloc[0, 6]

最后，根据基因的起始位置和方向，以及设定的启动子长度，提取启动子序列，如下所示：

promoter_length = 1000

if strand == "+":
    promoter_start = max(0, start - promoter_length)
    promoter_seq = genome.seq[promoter_start:start]
elif strand == "-":
    promoter_end = min(len(genome), end + promoter_length)
    promoter_seq = genome.seq[end:promoter_end].reverse_complement()

这样就可以提取出指定基因的启动子序列了。