no moudle named ’diffpy.structure.plot‘
时间: 2024-03-17 07:46:51 浏览: 140
如果你在使用 `from diffpy.structure.plot import plotAtoms` 时出现了 `no module named 'diffpy.structure.plot'` 的错误,可能是因为你使用的 diffpy-cmi 版本太低,缺少了 `diffpy.structure.plot` 模块。
可以尝试升级 diffpy-cmi 到最新版本,或者使用以下代码替代:
```python
import matplotlib.pyplot as plt
from diffpy.structure import loadStructure
from mpl_toolkits.mplot3d.art3d import Line3DCollection
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
# 加载 XYZ 文件
structure = loadStructure('myfile.xyz', format='xyz')
# 绘制图像
fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(1, 1, 1, projection='3d')
# 获取原子位置
positions = structure.xyz_cartn
# 获取原子种类和颜色
elements = structure.element
colors = plt.cm.get_cmap('viridis')(structure.atomic_numbers / max(structure.atomic_numbers))
# 绘制原子
ax.scatter(positions[:, 0], positions[:, 1], positions[:, 2], c=colors)
# 绘制键
for bond in structure.bonds:
bond_positions = positions[bond]
bond_color = colors[bond[0]]
bond_collection = Line3DCollection([bond_positions], colors=[bond_color], linewidths=1)
ax.add_collection(bond_collection)
plt.show()
```
上面的代码中,使用了 matplotlib 库中的 `mpl_toolkits.mplot3d` 模块,实现了 XYZ 文件的原子和键的绘制。
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