Rscript run-featurecounts.R --bam parv1.sorted.bam --gtf genomic.gtf --output OUTPUT Error in library(argparser, quietly = TRUE) : there is no package called ‘argparser’ Execution halted

这个错误的原因是 R 无法找到 argparser 包。你需要在 R 中安装 argparser 包，可以使用以下命令：

install.packages("argparser")

如果你已经安装了 argparser 包，但仍然出现这个错误，你可以尝试重新安装一下这个包，或者检查一下包的版本是否与你的 R 版本兼容。

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Rscript '/mnt/hgfs/H/DATA/RNAseq_analysis/表达定量/run-featurecounts.R' -b '/mnt/hgfs/H/DATA/RNAseq_analysis/表达定量/parv1.sorted.bam' -g '/mnt/hgfs/H/DATA/RNAseq_analysis/表达定量/genomic.gtf' -o parv1 WARNING: unknown gui '/mnt/hgfs/H/DATA/RNAseq_analysis/表达定量/genomic.gtf', using X11 Error in library(argparser, quietly = TRUE) : there is no package called ‘argparser’ Execution halted

这个错误发生在尝试加载argparser包时，因为您的R环境中没有安装argparser包。您需要先安装这个包才能使用它。

您可以使用以下代码安装argparser包：

install.packages("argparser")

如果这个命令无法正常运行，您可能需要先设置R的镜像源，例如：

options(repos="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")

或者您可以使用其他镜像源。然后再次运行`install.packages("argparser")`来安装argparser包。

(base) root@DESKTOP-SJ9UGKL:~/yejuhua/analysis# Rscript script/run-featurecounts.R -b /yejuhua/bam/SRR1237217sort.bam -g /yejuhua/script/gencode.v19.gft -o SRR1237217sort Error in normalizePath(files, mustWork = mustWork) : path[1]="/yejuhua/bam/SRR1237217sort.bam": No such file or directory Calls: featureCounts -> .check_and_NormPath -> normalizePath Execution halted

根据您提供的错误信息，看起来是由于文件路径不正确导致的错误。请确保您提供的文件路径是准确的，并且文件存在于指定的位置。请注意，路径应该是相对于当前工作目录或绝对路径。

在您的情况下，文件路径"/yejuhua/bam/SRR1237217sort.bam"可能不存在或无法访问。请验证该文件是否位于正确的位置，并且您具有足够的权限来访问该文件。您还可以尝试使用绝对路径，即从根目录开始的完整路径，以确保正确性。

如果问题仍然存在，请检查脚本中的其他代码，以确保没有其他错误或问题导致文件无法找到。